PEAKS 5.3蛋白质组学质谱软件

　　蛋白质组学质谱软件 PEAKS 5.3由加拿大Bioinformatics Solutions Inc.(BSI公司)于2011年6月美国质谱年会期间发布推出，PEAKS 5.3 是在已经在世界知名大学、研究院、及药物工业顶尖实验室广泛使用的PEAKS 5.2 及以前版本基础上的改进产品，用于对蛋白质串联质谱数据的谱库检索、定量分析、和 de novo 未知序列解序。可以说，PEAKS 5.3 是蛋白质鉴定搜索引擎和 de novo 未知序列解序的完美组合。同年8月份，BSI 发布了允许并联终端同时使用的PEAKS 5.3 服务器网络版本。

　　新版的 PEAKS 5.3 支持各种裂解模式(CID, HCD, ECD, ETD, PSD, PQD)，提供已广为人知的 de novo未知序列解序功能，PEAKS 5.3 尤其擅长对 ETD 裂解数据的解析，轻松鉴别蛋白质翻译后修饰，鉴定已知和未知肽段。

　　除此之外，PEAKS 5.3 还增加了杰出的的蛋白质鉴定搜索功能。PEAKS 独特的搜索引擎以极低的误报率出具增强的肽段覆盖率，显著提高数据库检索过程中的肽段识别准确度和灵敏度。PEAKS 5.3 特别突出报告那些只能由未知序列解序发现的 “de novo only”潜在肽段。而且，软件附带的“结果验证”功能可通过设定误报率(FDR)阈值，只允许保留高置信度的肽段鉴定结果。

　　PEAKS 5.3改进的搜索合成功能，可同时显示其他搜索引擎(如MascotTM, SequestTM, X!Tandem, etc)对同一肽段的鉴定结果，便于取舍。相比任何其他依靠手动“筛选阈值”输入的、功能单一的搜索引擎，启用 PEAKS 的 inChorus 自动筛选功能，所报告的序列匹配率准确性将显著提高。比如在2011年春天，由国际知名的美国生物与资源联合会(ABRF)组织的 iPRG 官方比对测试结果显示，人们通常对他们的结果过于乐观(即低估了误报率)。而使用 PEAKS 的研究人员，报告了相当高的肽段识别率，和非常低的误报率(FDR)。比对实验室各自使用了不同的蛋白质组学质谱软件，来处理 iPRG 统一提供的同一份 ETD 质谱数据。全球35家实验室递交了肽段鉴定结果。

　　应用 PEAKS 5.3，还可加速处理以各种蛋白定量方式(如无标记、ICAT, ICPL, ITRAQ, SILAC, O18, TMT等方法)获取的数据。

　　无论是研究未测序生物体、测序合成肽段、或分析未知蛋白组，PEAKS 均能更快地处理更多的质谱数据，更容易根据应用方向选则数据处理方式。即使初学者也能在几分钟内获取高准确度、高灵敏度和高置信度的蛋白分析结果。

　　创新点：

　　PEAKS 5.3 是蛋白质鉴定搜索引擎和 de novo 未知序列解序的完美组合。其主要创新点如下：

　　(1) 数据库检索具有前所未有的准确度和灵敏度，肽段鉴定率高，误报率低

　　(2) 综合结果可视化，便于对结果的严格审查(如假目标误报率target-decoy FDR计算是否可信，或仪器是否已校正)，而检查程序却无比简单

　　(3)内置“结果验证功能”

　　(4)增强的结果报告格式转换、显示和过滤功能

　　(5)对未知序列自动加注标签

　　(6)改进的搜索合成功能，显示其他搜索引擎(如MascotTM, SequestTM, X!Tandem, etc)对同一肽段的鉴定结果，便于取舍

　　(7)热地图显示定量结果，按量的变化规律自动将蛋白质归类，以提高对某类型蛋白质的快速识别和鉴定

　　(8)热地图显示 LC-MS 数据，突出肽段位置

　　(9) -10lgP 统计学肽段计分法，比普通的 P-value 计分法严密十倍