一、分组
1、分组原则
实验动物分组应严格按照随机分组的原则进行，使每只动物都有同等机会被分配到各个实验组中去，尽量避免人为因素对实验造成的影响。
2、建立对照组
实验动物分组时应特别注意建立对照组。对照组可分自身对照组和平行对照组。
2.1自身对照组
自身对照是把实验动物本身在动物实验前、后两阶段的各项相关数据，分别作为对照组和实验组的结果并进行统计学处理。
2.2平行对照组
平行对照组分正对照组和负对照组(空白对照组)两种。正对照组是对实验动物实施与实验动物相同但排除了所要观察的目的因子(如治疗手段或药物)的处理，负对照组则不作任何处理，这种方法就是平行对照组。例如要观察某种药物的药效，对实验组动物采用肌肉注射的给药方法;正对照组动物同样进行肌肉注射，但注射的不是药物而是同等剂量的生理盐水，以便排除肌肉注射生理盐水可能产生的影响;负对照组动物则不进行肌肉注射，并与实验组动物和正对照组动物在相同的环境和条件下饲养，作为空白对照。
二、标记编号
对随机分组后的实验动物进行标记编号，是动物实验准备工作中相当重要的一项工作。标记编号方法应保证编号不对动物生理或实验反应产生影响，且号码清楚、易认、耐久和适用。目前常用的标记编号方法有染色法、耳孔法、烙印法、挂牌法等标记编号方式。此外还有针刺法、断趾编号法、剪尾编号法、被毛剪号法、笼子编号法等。
1、染色法
染色法是用化学药品在实验动物身体明显的部位，如被毛、四肢等处进行涂染，以染色部位、颜色不同来标记区分实验动物，是最常用、最易掌握的经济犯罪分子方法。
1.1 常用染色剂
(1)3% ~ 5%苦味酸溶液，可染成黄色。
(2)0.5% 中性红或品红溶液,可染成红色。
(3)2%硝酸银溶液，可染成咖啡色(涂染后在可见光下暴露十分钟)。
(4)煤焦油酒精溶液，可染成黑色。
2.2 染色方法
染色法适用于被毛白色的实验动物如大白鼠、小白鼠等。
2.2.1单色涂染法
单色涂染法是用单一颜色的染色剂涂染实验动物不同部位的方法。常规的涂染顺序是从左到右、从上到下。左前肢为1号、左侧腹部2号、左后肢3号、头部4号、背部5号、尾根部6号、右前肢为7、右侧腹部8号、右后肢9号、不作染色标记为10号。此法简单、易认，在每组实验动物不超过10只的情况下适用。
2.2.2色涂染法
双色涂染法是采用两种颜色同时进行染色标记的方法。例如用苦味酸(黄色)染色标记作为个位数，用品红(红色)染色标记作为十位数。个位数的染色标记方法同单色涂染法;十位数的染色标记方法参照单色涂染法，即左前肢为10号、左侧腹部20号、左后肢30号、头部4 0号、背部50号、尾根部60号、右前肢70号、右侧腹部80号、右后肢90号，第100号不作染色标记。比如标记第12号实验动物，在其左前肢涂染品红(红色)，在其左侧腹部涂上苦味酸(黄色)即可。双色法色法可标记100位以内的号码。
2.2.3直接标号法
直接标号法是使用染色剂直接在实验动物被毛、肢体上编写号码的方法。实验动物太小或号码位数太多时，不宜采用此方法。染色法虽然简单方便，不会给实验动物造成损伤和痛苦，但是长时间实验会使涂染剂自行褪色，或由于实验动物互相嬉闹、舔毛、摩擦、换毛、粪尿和饮水浸湿被毛等原因，易造成染色标记模糊不清，因而染色法对慢性实验不适用。如果所做慢性实验只能采用此种染色方法，则应注意不断地补充和加深染色。另外，常用染色剂的毒性对实验动物的影响也是需要注意的一个问题。
2.耳孔法
耳孔法是用打孔机直接在实验动物的耳朵上打孔编号，根据打在动物耳朵上的部位和孔的多少，来区分实验动物的方法。用打孔机在耳朵打孔后，必须用消毒过的滑石粉抹在打孔局部，以免伤口愈合过程中将耳孔闭合。耳孔法可标记三位数之内的号码。另一种耳孔法是用剪刀在实验动物的耳郭上剪缺口的方法，作为区分实验动物的标记。
3.烙印法
烙印法是直接把标记编号烙印在实验动物身体上的方法，尤如盖印章一样。烙印方法有两种，对犬等大动物，可将标记号码烙印在其皮肤上(如耳、面、鼻、四肢等部位)，对家兔、豚鼠等动物，可用数字号码钳在其耳朵上刺上号码;烙印完成后，伤口涂抹酒精黑墨等颜料，即可清楚读出号码。烙印法对实验成绩动物会造成轻微损伤，操作时宜轻巧、敏捷，必要时麻醉，以减少痛苦。
4.挂牌法
挂牌法是将编好的号码烙印在金属牌上，挂在实验动物颈部、耳部、肢体或笼具上，用来区别实验动物的一种方法。金属牌应选用不生锈、刺激小的金属材料，制成轻巧、美观的小牌子。
实验人员可根据实验动物品种、实验类型及实验方式，选择合适的标记编号方法。一般来说，大、小鼠多采用染色法，家兔宜使用耳孔法，犬、猴、猫较适合挂牌法，犬还可用烙印法。