蛋白质质谱分析中常见FAQ

蛋白质质谱鉴定在蛋白质组学中具有重要的作用，以下收集了质谱分析中一些中常见的FAQ。

1.质谱鉴定取胶点该如何取?有什么注意事项?

答：取点的时候将0.2ml的枪头前端剪去一点，用枪头将凝胶戳取下来并转移至0.5ml离心管中，用水将胶粒反复吸打冲洗两至三次，最后吸干离心管中所有水分封盖保存并做好标记。离心管最好用进口离心管，以免塑料污染；水最好用去离子水或者双蒸水；取点的时候带好口罩与手套，以免角蛋白污染。

 

2.一级质谱与二级质谱该如何选择?

答：一级质谱的鉴定方法又常称为肽指纹图谱鉴定(peptide-mass mapping，PMF)，二级质谱的鉴定方法又常称为串联质谱鉴定。早期蛋白鉴定，因为考虑鉴定成本的问题，一般做测序生物的蛋白鉴定可以选择一级质谱，而非测序生物常选择二级质谱。现在，二级质谱的价格也大大降低，和一级质谱并无太大差异，而且可靠性和鉴定成功率都大大提高。

 

3.质谱鉴定会不成功一般有哪些因素?

答：质谱鉴定不成功主要可以分为两类，一类是质谱效果不好，一类是没有可参考的蛋白数据库，质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低、蛋白点取得太小不利于操作、虽然经过双向电泳分离但却是某几个蛋白的混合蛋白点、蛋白酶解及质谱操作失误等，要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点，并且取的蛋白点面积需要适当大一些(对于某些很小但很清晰的蛋白点，取点的时候可是适当选择孔径大一些的枪头，把边上空白处适当取到一些也不要紧)，避免取点可能混合的蛋白点，具备丰富的酶解质谱操作经验。而由于没有可参考的数据库导致的鉴定效果较差，可以通过更换范围更大的数据库、采用EST数据库以及根据单个物种的蛋白数据库构建本地质谱数据库的方式得到解决。

 

4.研究的物种不是模式生物怎么办?

答：可以参考亲缘关系最近的模式生物做比对而实现蛋白质的成功鉴定，如果质谱图很好而没有鉴定结果说明这是一个全新的蛋白，可以采用de-novo等技术做深入分析与鉴定。

 

5.该如何评价质谱效果的好坏?

答：做PMF一般得分超过60分(P<0.05)就算成功鉴定，而串联质谱，得分超过60分或者虽然没有超过60分，但是有最少一条肽段的得分超过30分就算成功鉴定。

 

6.一些特殊的质谱方法有什么用途?

答：质谱的其它用途包括磷酸化位点分析、蛋白测序、混合蛋白鉴定(shotgun技术)以及分子量精确测定、二硫键位置分析等等。

 

7.用什么染色方法比较好?

答：最好用考马斯亮蓝法进行染色，银染也可以，但鉴定成功率稍低，并且推荐用串联质谱对银染蛋白进行鉴定可以大大提高鉴定成功率。

 

8.凝胶是否可以长期保存?该如何保持?对鉴定效果有影响吗?

答：如果保存时间超过一个月，可以用保鲜膜包裹后放入冰箱保持，如果小于一个月，则可以常温保持，不会影响质谱鉴定效果。