Discovery Studio（简称DS），由创腾科技提供国内代理及服务。 它基于 Windows/Linux 系统，面向生命科学领域的新一代分子模拟软件/计算机辅助药物设计软件。服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于蛋白质结构功能研究，以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、药物设计与优化工具。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的环境，DS 将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。
Discovery Studio 的主要模拟功能包括：
• 生物大分子：蛋白/核酸的序列分析、蛋白进化分析、蛋白质三维结构的预测与模拟、蛋白质结构表面电荷分析及 pKa 值预测、膜蛋白的结构预测与模拟、抗体的设计与分析、蛋白理性设计、虚拟氨基酸突变、二硫键预测、丙氨酸扫描、饱和突变、蛋白聚集效应预测、核酸的设计与模拟、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray 晶体结构解析等；
• 计算化学：分子力学计算和分子动力学模拟、量子力学/分子力学（QM/MM）计算等；
• 基于靶标结构药物设计：配体-靶标相互作用（分子对接）、全新药物设计、me too/me better 药物设计、分子对接、基于结构的虚拟筛选、基于片段的药物设计等；
• 基于配体药物设计部分：完全基于配体的药效团设计、基于配体-受体复合物的药效团设计、化合物数据库的构建和筛选、药效团数据库的构建与保存、基于药效团数据库的反向找靶、定量构效关系（QSAR/QSPR）、构效关系分析（MMP）、虚拟组合化学库的设计与分析、类药性筛选、化合物构象搜索和分析、化合物 ADMET 性质预测等；
基于上述模拟功能，Discovery Studio 的应用涵盖药物、化学、生物三大学科，研究领域包括：疾病的发病机理研究、新药发现和设计、生物信息学、结构生物学、酶学、免疫学、病毒学、蛋白质工程、肿瘤研究等。
Discovery Studio 功能模块简介
基本界面和显示模块
• Discovery Studio Standalone
• Discovery Studio Visualizer Client
• Pipeline Pilot Server
• Discovery Studio Visualizer
• ActiveX Control
蛋白质模建及模拟模块
• DS MODELER
• DS Protein Refine
• DS Protein Families
• DS Protein Health
• DS Sequence Analysis
• DS Protein Docking
• DS Biopolymer
• DS Aggregation
分子力学、分子动力学、分子力学/量子力学模拟模块
• DS CHARMm
• DS CHARMm Lite
• DS CFF （高级II类力场）
• DS MMFF （Merck Molecular Force Field）
• DS Analysis
• DS QUANTUMm
基于结构的药物发现和设计模块
• DS Flexible Docking
• DS LigandFit
• DS LibDock
• DS LigandScore
• DS CDOCKER
• DS GOLD interface
基于片段的药物设计模块
• DS Ludi
• DS De Novo Evolution
• DS MCSS
• DS Grow Scaffold
• DS Replace Fragment
基于药效团的药物发现和设计模块
• DS Catalyst Conformation
• DS Catalyst Hypothesis
• DS Catalyst Shape
• DS Catalyst Score
• DS Catalyst Structure Based Pharmacophore （SBP）
• DS Catalyst DB Build
• DS Catalyst DB Search
• DS De Novo Ligand Builder
• PCDB （PharmaCoreDB）
• PharmaDB
基于小分子的药物发现和设计模块
• DS QSAR，DS QSAR+
• DS DMOL3 Descriptor
• DS Library Design
• DS ADMET
• DS TOPKAT
生物大分子 X-ray 晶体结构解析模块
• DS X-RAY
基本界面和显示模块
• Discovery Studio Standalone
可视化界面，是利用 Discovery Studio 软件进行分子设计和模拟的基础，支持“服务器（server）- 客户端（client）”安装在同一台机器上的运行模式。与 Pipeline Pilot Server 结合在一起，提供化学/生物学数据显示、动态变化展示、三维作图、动画的输出等显示功能，及许多其它模拟分析功能，如三维分子的构建、受体结合口袋的快速显示、基于 MMP 方法的 SAR 分析、基于化学反应进行片 Me too/Me better 药物设计、基于电子等排体替换的骨架跃迁以及二硫键突变位点预测。
• Discovery Studio Visualizer Client
“服务器（server）-客户端（client）”运行模式中、客户端的可视化界面，用于访问和使用服务器端的 Discovery Studio 软件。必须与服务器端配置的Pipeline Pilot Server 协同工作，为用户提供数据、工作流程和计算资源的共享。
• Pipeline Pilot Server
软件的计算服务器端。
• Discovery Studio Visualizer
免费的分子结构显示和分析软件，包含 Discovery Studio Visualizer Client 的部分显示功能，但无法与计算服务器 Pipeline Pilot 连接。此产品通过注册下载获得。
• ActiveX Control
免费的分子三维结构显示插件。适用于 Windows 环境，该插件可以帮助用户在 IE、Powerpoint 中直接显示和分析分子的三维结构。此产品通过注册下载获得。
蛋白质模建及模拟模块
• DS MODELER
只要给出未知结构序列与另一个已知三维结构且具有一定同源性的蛋白，利用工业标准的快速同源模建方法，便可自动并快速预测蛋白结构。可预测的蛋白结构类型包括酶、抗体、跨膜蛋白。对于靶标发现及蛋白家族功能结构分析，MODELER 是一个理想的解决方案。用 MODELER 还可以模拟蛋白突变，进行 loop 区模建及基于结构的比对并构建有配体结合的蛋白结构模型。结合 Sequence Analysis 模块，可以全自动完成抗体 Fab 区、Framework 区以及全长抗体结构的模建。结合 Discovery Studio 里模拟及以结构为基础的药物设计的功能模块，用 MODELER 还可以深入研究蛋白结构及功能的关系。同时，MODELER 程序支持并行计算。
• DS Protein Refine
利用 CHARMm 对模建好的蛋白质进行侧链和 loop 区的优化，提高蛋白同源模型的准确性。
• DS Protein Families
分析蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三维结构上保守残基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能机制。Protein Families 简单易用的流程（protocols），也可一步步地引导用户进行分析，从蛋白家族的序列或结构比对，到进化踪迹分析。而进化踪迹分析包括用分层聚类的方法来建立蛋白家族系统树（phylogenetic tree）图以及把这些得到的功能注释信息画到你的三维结构上去。进行序列比对时，允许根据需要对比对结果添加约束，提高活性部位关键残基的比对效果。
• DS Protein Health
蛋白质三维结构合理性评价工具。Protein Health 模块运用 Profiles 三维方法，通过将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外界环境相比较，获得相关结构性质与氨基酸序列信息之间的关系。通过 Protein Health 模块的分析，用户可以方便快速地找到蛋白质结构中不合理的区域。
• DS Sequence Analysis
与功能已知的其它蛋白序列进行比对，是确定蛋白生物功能的第一步。用 Sequence Analysis 可以让用户使用 BLAST 及 PSI-BLAST 算法来搜索本地数据库或者 NCBI 网上数据库，确定蛋白序列的同源区域。搜索结果在交互的报告格式里显示以方便进行进一步的分析及在其它 Discovery Studio 模块里面的使用。基于上述分析序列分析结果，可以进行进化树的构建和分析。Discovery Studio 同时还支持抗体建模中 CDR loop 区的数据库搜索、识别和注释功能。
• DS Protein Docking
快速而准确的蛋白-蛋白复合物结构预测工具。Protein Docking 采用经典可靠的 ZDOCK 算法预测蛋白-蛋白复合物结构。共包括 ZDOCK、ZRANK、RDOCK 三个计算模块。ZDOCK 用于蛋白-蛋白刚性对接，RDOCK 则基于 CHARMm 能量最小化方法优化 ZDOCK 得到的结构。Discovery Studio 中还提供 Process Pose protocol 等强大的分析工具（ZRANK），实现对 ZDOCK 结果进行包括聚类分析在内的分析功能，帮助用户方便快速地缩小范围，锁定感兴趣的复合物结构。
• DS Biopolymer
DS Biopolymer 模块整合了 Delphi 功能，为用户提供操作简单易学且实用的模型搭建以及生物大分子静电势分析工具。DS Biopolymer 可用于搭建和修饰蛋白质和小肽分子、将蛋白质复合物分成不同的组分、快速产生肽类或蛋白质分子的性质分析报告、计算大分子和小分子的静电势分布和溶剂化能以及蛋白氨基酸残基 pKa 值的计算等方面。DS Biopolymer 产生的小分子以及生物大分子模型可以在 Discovery Studio 其他模块中进行进一步的分析。在 X-ray 晶体结构分析领域，该模块不仅可以用来够解析蛋白质模型（使用 X-BUILD 技术）与 X-ray 电子密度图的匹配性，还可以用来合理放置配体（使用 X-LIGAND 技术）的位置。
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