密码子偏好性分析

密码子使用的相对概率(Relative Synonymous Codon Usage，RSCU)作为衡量的标准。RSCU是指对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率，它去除了氨基酸组成对密码子使用的影响，如果密码子的使用没有偏好性的话，该密码子的RSCU值等于1。当某一密码子的RScU值大于1时，代表该密码子为使用相对较多的密码子，反之亦然。它计算简便，而且直观地反映了密码子使用的偏好性。

密码子适应指数(Codon adaption index。CAI)该指数以一组具高表达水平的基因为参考，测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度，如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子，则其CAI值为1。目前这个指数已被广泛用来预测基因的表达水平。

有效密码子数(Efective Number of Codon。Nc)CAI测量的是某个基因所用的密码子与高表达基因所用密码子的接近程度。和CAI不同，Nc 测量的是某个基因的密码子偏好程度，如果一个基因平均使用每一个密码子，则其Nc为61，如果一个基因只使用每组同义密码子中的一个，则其Nc为20。理论上讲，一个具有低CAI的基因也可以同时具有低Nc值，换句话说，该基因具有较强的密码子偏好性，只不过其偏向的并不是高表达基因所用的密码子。

GC 和GC3s：GC测量的是基因中G和C的含量。GC3s则计算密码子第三个碱基中出现G或c的频率。一般认为这两个因素对基因的密码子选择有重要影响。