分子动力学模拟尿素对水溶液中蛋白质构象转变的影响

摘　要:采用分子动力学方法和全原子模型研究尿素和水分子对模型蛋白S2肽链结构转化的影响。模拟结果显示S2肽链的变性速率常数k 值随着尿素浓度的增加而先降低后升高,在尿素浓度为219 molPL 时达到最低值。模拟了不同尿素浓度下尿素2肽链、水2肽链以及肽链分子氢键的形成状况。结果表明:尿素浓度较低时,尿素分子与S2肽链的极性氨基酸侧链形成氢键,但不破坏其分子内的骨架氢键,尿素在S2肽链水化层外形成限制性空间,增强了S2肽链的稳定性。随着尿素的升高,尿素分子进入S2肽链内部并与其内部氨基酸残基形成氢键,导致S2肽链的骨架氢键丧失,S2肽链发生去折叠。上述模拟结果与文献报道的实验结果一致,从分子水平上揭示了尿素对蛋白质分子结构变化的影响机制,对于研究和发展蛋白质折叠及稳定化技术具有指导意义。