文献阅读：肽质量精确度的优化及其在蛋白质组学研究中的应用

肽质量精确度的优化及其在蛋白质组学研究中的应用分析测试百科网Zd0Fsm;YWR*hC
Wilhelm Haas et al分析测试百科网M$p4Q&ecv
MCP,2006,5:1326-1337

    高质量精确度的FT-ICR质谱仪在蛋白质组学研究中的应用越来越多。虽然根据精确的质量数来鉴定生物分子被广泛接受，但是其在shotgun 数据分析中的作用还研究的不多。因此，作者设计了一组实验来考察不同精确度的数据在shotgun 策略中鉴定结果的差异。比较研究了三种质谱扫描模式：（1） SIM3模式，即一个FT的全扫描，再选三个最强的离子做SIM扫描和MS/MS，整个分析时间为2.6秒。（2） FT10模式，即一个FT的全扫描，再选十个最强的离子做MS/MS，整个分析时间为3.5秒。（3） LTQ10, 即所有的扫描都在离子阱中完成，分析时间为3.2秒。这三种扫描模式的不同之处在于，SIM3模式的获得肽段质量的精确度高，但这种模式的扫描时间相对较长，作者对163个肽段进行了分析发现肽段质量误差在0.4ppm左右。FT10模式，由于只有Full scan 是在ICR中进行的，扫描速度提高，但精确度不如SIM3高，只有4.99ppm。LTQ10模式，即fullscan 和MS/MS都在离子阱中完成，因此扫描速度非常快，做10个MS/MS需要3.6秒，但对获得肽段的质量精确度无法保证。

    解决扫描速度与精确度矛盾的方法是对获得的数据进行重新矫正，本文中介绍了一种利用环境中存在的污染物聚甲基硅醚进行数据矫正的方法。利用该方法对FT10的数据进行矫正后得到的质量误差降为0.25ppm.，而且误差分布也趋于正态分布.为了得到高可信度的结果，本文还用了反转数据库的策略对鉴定结果进行假阳性评估。对这三种模式的数据进行SEQUEST检索，误差设置为：SIM3模式，3ppm; FT10模式, 6ppm; LTQ10模式, 2Da。

结果：在1%的假阳性前提下
1te*B }$E4G3M`@01 FT10 只比LTQ10多鉴定了10%的肽段，而鉴定的蛋白质数几乎是一样的。分析测试百科网:F)xux]!S+Y]K:c u
2 SIM3鉴定的肽段数要比FT10、 LTQ10少30%，而鉴定的蛋白数则少40%。作者认为这与SIM3模式下MS/MS采集的速度有关。分析测试百科网\+s$c}d F }
3 对磷酸化肽段的研究结果表明，在SIM3模式下虽然获得的MS/MS比FT10，LTQ10模式下的少，但鉴定的磷酸化肽段却是最多的。由于大多数修饰肽段存在信噪比低，谱图质量差等现象，而高精确度的数据弥补了由于信噪比低，MS/MS谱图质量差等造成的错误匹配或无匹配等情况。分析测试百科网3F1})F oB-{t6k9l
4 作者利用CAI估算了不同扫描模式下鉴定蛋白的丰度。发现FT10和LTQ10这两种模式鉴定的低丰度蛋白（CAI〈0.2）比SIM3的多。作者认为这还是与MS/MS采集的速率有关。

结论：作者认为在大规模的蛋白质组学研究中高精确度的实现是以牺牲MS/MS采集速率为代价的，精确度的提高有助于提高鉴定结果的可信度，但会丢失一些肽段信息，特别是在对非修饰的肽段混合物分析和浓度很低的样品的分析中，这种作用被高估计了。在对Yeast的分析中发现FT10、 LTQ10扫描模式获得的数据是惊人相似的。但高精确度的数据有助于提高低图谱质量的MS/MS的匹配，特别是在蛋白质修饰研究中。
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