大学科研产生于培养人才的需要，也产生于国家基础研究的需要。中世纪晚期，大学组织得到了一些捐赠，逐渐有了固定的建筑。在捐赠的推动下，大学出现了学院运动。文艺复兴和宗教改革运动以后，古典人文主义学科逐步在大学取得一席之地。随着工业革命的发展，实科教育也开始冲击着大学学科的发展。德国大学率先进行改革。1694年创办的哈勒大学和1737年创办的哥廷根大学成为创造性科学研究的最早基地，大学的科研功能也逐步得到发展。19世纪初，德国学者洪堡创立柏林大学，强调大学的研究功能。柏林大学的模式迅速成为19世纪各国大学效法的榜样。柏林大学的创立，标志着大学的功能得到新的拓展。从此，科学研究逐步成为办大学的直接目的之一。洪堡所说的科学即所谓的纯科学，他指出：“高等学术机构倘要实现其目标，其全体成员(只要可能的话)就必须服膺于纯科学的观念。”
[1]纯科学建立在深邃的观念之上。纯科学不追求任何自身之外的目标，只进行纯知识、纯学理的探求，不同于历史和自然科学这些“经验科学”，纯科学能够统领一切学科，是关于世上万般现象知识的最终归宿。
从发生学的角度讲，大学的科研的应然状态应该是：
第一，科研与教学相结合，科研服务于人才培养。洪堡明确提出了科研与教学相结合的办学理念。为此，他提倡教师和学生都必须成为研究者，他开创的“习明纳”(Seminar)教学方式为世界一流大学所推崇，至今仍是一咱先进的教学方式。欧内斯特•博耶曾领导美国卡耐基教学促进会近二十年(1979-1995)，他主张“教授的工作可以认为有4个不同而又相互重叠的功能。这就是：发现的学术水平;综合的学术水平;运用的学术水平;教学的学术水平”。[2]科研的教学化(科研走进教学内容)和教学的科研化(教学本质是一种科研活动，按科研规律进行教学活动)是教学与科研相结合的更高形式。
第二，科研与兴趣相结合，超越功利的学术环境。科研的最高境界和最佳状态是研究者以“闲逸的好奇”精神追求知识，把追求知识当成目的，把科研当成寻求知识、验证知识、实践知识的、体验知识的过程和目的，而不是生存手段。洪堡对此的结论是科研的基本的运行规则是自由与宁静。洪堡希望国家、政府和社会要积极为大学创造自由宁静的环境，希望“国家决不能要求大学直接地和完全地为国家服务;而应当坚信，只要大学达到了自己的最终目标，它也就实现了，而且是在更高的层次上实现了国家的目标。”[3]
同时，他也希望大学的学者把“身外的闲暇或内心的追求用于科学和研究。”[4]
第三，社会需要和团体实力相结合，坚守团队的研究方向。大学的科研无疑要为社会服务，但大学也决不能完全以服务为导向，为了服务而科研。这样只会本末倒置，扼杀科研的活力。弗莱克斯纳：“大学不是风向标，不能什么流行就迎合什么。大学必须时常给社会一些它所需要的东西(what
the society needs)，而不是社会所想要的东西(what the society
wants)”。[5]这一方面要求大学的科研必须从团队实力、团队兴趣出发，按既定的科研方向进行永无止境的探究;另一方面要求，大学必须注重把自己的知识、科研成果运用到实践之中。在实践之中，深化自己的科研成果、检验自己的科研成果。大学的科研必须有自己的核心，有自己的理念。
在实然上，大学的科研恰恰违背了大学科研的理想轨迹。
第一，科研与教学相脱离。大学教师基本上把科研当成自己的最为主要的目标，对教学工作则是以应付、推脱为主。这明显在以下几方面：首先，重视研究生培养，忽视本科生教育。其次，科研投入多，教学投入少。再次，科研成果不向教学过程转化，没有学生特别是本科生的参与。
第二，科研与兴趣相脱离。现在大学教师做科研的最大目的是晋升高一级的职称，取得科研上的话语权。推动教师从事科研工作的最大动机是学校的奖励制度、晋升制度。因之，大学教师最为看重的也是国家的基金项目、规划项目，学校也把此类项目的申报当成重中之重的科研任务。所以就形成一个怪圈：科研项目来了凑班子，科研项目结束散摊子。科研成为功利，成为手段。教师的兴趣被忽视、扼杀，科研的质量无人关心。所以当中国的论文数、专利数列世界前位时，并没有被世人所尊重，也没有被人视为科研大国、创新大国。
第三，科研与企业相脱离。大学要成功离不开企业的支持与参与。大学的科研只有在企业中才能得到验证，得到促进，得到升华。从事农业研究的不到农田，从事食品研究不到公司，从事工业项目开发的不到企业，是永远不能使高校的科研工作得到社会承认的。笔者曾到河南某上市公司进行了一次调研，其董事长毫不讳言地说，“你们大学老师可能都没有见过我这里的设备!”其说虽然有点过，但基本属实。由此可见，大学远离工业企业，会造成多大的损失。不仅是失去社会的尊重，也有损于大学根本目标——人才培养的质量。美国白宫委员会1986年向国会提交了一份题为《重建伙伴关系》的报告，报告指出，美国社会的兴旺需要重建大学与工业界的相互关系。并提出：“我们将来在全球市场中的地位将取决于今天我们把握的机会和动员我们力量的意愿。”[6]英国在2003年发布了《大学与企业合作兰伯特回顾》(Lambert
Review on University -Business
Collaboration,2003)的报告，同样指出牛津和剑桥要想保持世界一流大学的地位，必须改变内部治理结构，促进大学与工业企业的合作。他山之石，但愿能引起我们的重视。
[1]
[德]威廉•冯•洪堡.论柏林高等学术机构的内部和外部组织[J].高等教育论坛.1987(1)：93.
[2]
[美]欧内斯特•博耶.学术水平反思——教授工作的重点领域[A].国家教育发展研究中心.发达国家教育改革的动向和趋势[Z].北京:人民教育出版社，1994.23.
[3]
[德]威廉•冯•洪堡.论柏林高等学术机构的内部和外部组织[J].高等教育论坛.1987(1)：94.
[4]
[德]威廉•冯•洪堡.论柏林高等学术机构的内部和外部组织[J].高等教育论坛.1987(1)：93.
[5] [美]亚伯拉罕•弗莱克斯纳著.徐辉译.现代大学论[M].杭州：浙江教育出版社，2001.3.
[6] 邓存瑞.美国高校与企业合作的形式及借鉴[J].生产力研究.1996(1)：70-73.
