基于质谱的自下而上（Bottom-up）蛋白组学方法已经成为一种非常强大的蛋白鉴定和定量技术。在Bottom-up蛋白组学分析中，通常用蛋白酶将蛋白混合物酶解为肽段，然后通过液质联用进行分析。经过酶解后，一个蛋白将产生多个肽段，因此样品的复杂度会极度增加。受到当前质谱仪采集速度不够快、灵敏度不够好和分辨率不够高的制约，要覆盖如此复杂的样品中的全部蛋白是极具挑战性的工作。布鲁克timsTOF Pro基于双TIMS(Traped Ion Mobility Spectrometry)设计，创新的采用离子同步累积连续碎裂（PESEF）的采集方法，离子在淌度分析器中的累积、淌度分离和在四极杆中的隔离、碎裂能同步进行，从而来能带来>100 Hz的数据采集速度。利用PASEF的采集方法，低丰度肽段可以被多次选择进行碎裂，从而提升数据质量。因此，timsTOF Pro 采用的 PESEF 技术在提高采集速度的同时，也带来灵敏度的同步提升，可以用更少的样品量实现蛋白组学更深度的覆盖。

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