安捷伦的生物分析仪一直作为 NGS 行业 RNA 检测的金标准,推动着转录组研究水平的提升。8 月 16 号,微分基因高通量测序平台的 Agilent 4200 安装调试验收完成,在真实样本检测中展现了良好的质量,有 Agilent 4200 这位超级明星助阵,微分基因的转录组研究水平将在已有基础上大大提升,黄金标的 RNA 完整性评价、精准的检测结果、更具诱惑力的转录组研究周期,您手中的转录组研究课题是不是让你的小心脏扑通扑通了呢?
图 1、微分基因的 Aglient 4200 生物分析仪
01
RNA 检测攻略
RNA 样本总量及完整性是评判样品质量的关键点,其中 RNA 完整性评估依靠 RIN 值(RNA Integrity Number)、真核生物 28S/18S(原核生物 23S/16S)的比值以及检测峰图基线是否平整来综合评判。对于降解样本难以获取完整的转录本信息,影响数据质量及完整性。当 RNA 总量较低时,会导致建库成功率下降或测序数据 dup 率高等问题。
在 RNA 检测中,RIN 数值大小即反应样品完整性情况,数值越接近 10 表明样品完整性越高,反之 RIN 值越小完整性越差。真核生物 28S/18S (原核生物 23S/16S )的比值是评估样品完整性的另一项指标,一般来说, 28S/18S >1.0,且 18S 及 5S rRNA 之间的基线较低的总 RNA 样品完整性较好,对于绝大多数要求严格的应用都适用,若比值越小则表明 RNA 降解越严重。
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别慌张!有 Agilent 4200 你将牢牢掌握 RNA 质量评估的金标准
时间洗尽铅华,历经大量样本的考验,Agilent 2100 的 RIN 值量化评估被行业视为 RNA 质量评估的金标准,但 Agilent 2100 的检测通量却是其致命短板,40min 只能检测 12 个的样本的通量,大大拉长项目的执行周期。为了适应高通量测序平台的需求,各种品牌的高通量核酸分析仪层出不穷,但在 RNA 完整性评价上总是不尽如人意。
曾经多少次幻想如果有一台高通量的 Agilent 2100,RNA 核酸分析就完美了。
随着 Agilent 4200 在微分基因实验平台顺利安装调试验收,我们对这位 Agilent 仪器家族的新成员有了更深入的了解。新型 Agilent 4200 TapeStation 系统是 Agilent 样本质控的最新力作,它结合了 2100 生物分析仪在 RNA 质控上的出色能力,继承了 2200 TapeStation 在 DNA 完整性评估上的突破,同时融入了自动化与高通量,是 NGS 测序中核酸样本片段质控的理想解决方案,与 qPCR 浓度质控组成最佳质控 CP,完美助力 NGS 转录组研究。
装机测试过程中,我们小伙伴看到 Agilent 4200 交付的答卷时,面部表情十分丰富! 4 分种内完成 4 个样本的检测工作,当仪器完成检测时,面对如此快的速度,有些小伙伴一时没反应过来,误以为仪器故障了。大家还未平复震惊的情绪,看到 Agilent 4200 的检测结果与 Agilent 2100 检测结果如出一辙时,内心的激动化作一张张笑脸,赞不绝口。
图 2. Agilent 2100 检测结果峰图(样本一)
图 3. Agilent 4200 检测结果峰图(样本一)
图 4. Agilent 2100 检测结果峰图(样本二)
图 5. Agilent 4200 检测结果峰图(样本二)
注:Agilent 2100 检测时间早于 Agilent 4200 一个月,样本会存在轻微降解,导致 Agilent 4200 RIN 值略低于 Agilent 2100。
Agilent 4200 两大突出优势
1、出色的 RNA、DNA 质量评估能力;即开即用零污染的简单操作流程;
2、惊人的检测速度( 1 min /样),必将完美助力微分基因转录组研究水平。
图 6. Agilent 4200 与 Agilent 2100
微分基因为国家大基因中心“基因检测平台”运营方,专注于高通量测序技术,公司凭借国际领先的高通量测序平台,依托独具优势的高通量基因测序和大数据挖掘技术,为各大高校、医院、科研单位以及第三方健康管理服务平台,提供专业的基因检测和数据分析解读服务。2017 年,微分基因在国家大基因中心建成 2133 平方米的洁净分子生物实验室,公司科研团队汇聚了一批国内外优秀的基因组学实验和生物信息分析研究人员。
科技服务部依托公司先进的自动化建库仪、高通量测序仪等实验设备,提供多种测序服务;凭借强大的科研团队,为高校、科研院所等研究单位提供领先的生物信息分析服务。主营业务包括 DNA 测序、RNA 测序、表观组学测序、单细胞测序、 ICELL8 单细胞表达谱测序、芯片服务、三代全长转录组测序等。
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