【临床研究】ECCMID 2024发布RPIP性能数据

2024年4月27日，由北京佑安医院开展、因美纳（中国）科学器材有限公司合作研究的 “HIV患者疑似肺部感染者的tNGS与mNGS性能评估”中期结果在第34届欧洲临床微生物与传染病学大会(ECCMID 2024) 进行壁报交流。

研究者针对HIV阳性免疫缺陷患者难以诊断的肺部感染问题，开展了一项关于靶向下一代测序技术tNGS与mNGS性能的评估研究，以及tNGS的定量和病原监测价值。

本研究共入组了45名HIV患者的47例疑似肺部感染的支气管肺泡灌洗（BAL）标本进行tNGS和mNGS检测，并与临床标准结果进行比较。tNGS方法采用Illumina Respiratory Pathogen ID / AMR Panel（RPIP），生信分析通过DRAGEN™ Explify™ Pipeline进行。

研究初步结果显示

tNGS的分析准确性为85.19%，而mNGS的准确性为67.72%，tNGS 在目前有限的样本中性能优于mNGS。其中在结核病（TB）亚组中，在目前14例样本中，RPIP的敏感性与Xpert和mNGS相当。两种技术方法的性能比较尚需大样本研究证实。

在37例可定量的样本中，RPIP定量结果与ddPCR显示出强相关性，在临床感染和非感染组间定量结果存在显著性差异。

RPIP对15例SARS-Cov-2和2例甲型流感病毒样本成功实现谱系判定，并检测到奥司他韦耐药位点。

在生信分析方面，DRAGEN™ Explify™可以对微生物进行“疾病表型分组“（表1），辅助研究者判定病原微生物的意义。疾病表型分组和人工判读可以显著减少正常菌群定植或污染的报告，改善NGS报告过多背景微生物的问题。

经常被视为正常菌群、定植菌或污染，但在某些情况下可能与疾病相关的微生物

可能代表正常菌群、定植菌或污染，但经常与疾病相关的微生物

一般不被视为正常菌群、定植菌或污染，并且通常认为与疾病相关的微生物

表1：DRAGEN™ Explify™疾病表型分组定义

本初步研究结果表明，tNGS在HIV疑似肺部感染患者中性能优异。此外，tNGS定量显示与ddPCR有强相关性，为临床判定定植/感染或病毒再活化提供了有价值的工具。RPIP检测实现SARS-CoV-2和流感A病毒的全基因组覆盖及病毒分型和奥司他韦耐药位点检测，为有效的病原监测提供了便利。

仅供研究使用，不得用于诊断。