全外显子组和目标区域深度测序

全外显子组和目标区域深度测序

简介

　　全外显子组（Exome）是指基因组中全部外显子区域的总和，人类的外显子组约占基因组的1%~2%，包含了蛋白质合成的重要信息，是基因行使功能最直接的体现。绝大部分疾病或性状相关的变异位于外显子区域，与全基因组重测序相比，全外显子组测序仅针对外显子区域内部和边界区域的DNA进行测序，覆盖度更深，数据准确性更高，可更加经济、高效地发现与疾病或表型相关的个体遗传变异及罕见突变。人全外显子组测序技术已逐步应用到单基因致病基因和复杂疾病易感基因研究中。目标区域深度测序是指对感兴趣的特定基因组DNA区域进行高通量测序。主要流程为首先针对感兴趣的基因组区域设计特异性的探针制备捕获芯片，然后通过将基因组DNA文库与芯片杂交富集目标区域，再进行高通量测序。目标区域深度测序的主要优势在于可针对特定区域进行测序，有效的降低了测序成本，提高了测序深度，能够更为经济有效精确地发现特定区域遗传变异的信息。

技术流程

技术优势

　　博奥生物基于罗氏NimbleGen捕获芯片平台和Illumina GA_IIx高通量测序平台推出外显子组捕获测序和目标区域深度测序服务。罗氏NimbleGen的捕获芯片采用先进的repeat masking方法设计探针，在序列捕获的均一性（uniformity）和覆盖度（coverage）方面极具优势，该产品被评为2008年生命科学十大创新产品之一。

　　博奥生物为罗氏NimbleGen亚太地区的首家认证服务商，具有丰富的芯片服务经验，实验室通过了标准化认证并具备严格的质量控制管理系统，同时拥有高通量测序平台、ABI HT7900和Sequenom验证平台、高性能计算平台及专业的生物信息团队。研究者只需提供待测的基因组样品和候选基因区段列表（可以为连续的基因组序列或非连续的独立位点），我们即可提供从芯片定制、序列捕获、测序、生物信息分析到验证的全套优质服务。

　　罗氏NimbleGen捕获目标区域：

罗氏NimbleGen捕获芯片可提供100K~7M和7Mb~50Mb的任何连续和非连续区域的捕获芯片定制服务。预制的人外显子序列捕获芯片可捕获超过30万个外显子，捕获探针覆盖区域达44.1Mb。

　　技术特点

高质量的数据：采用对读测序，极大提高了对各种变异类型的检测能力。

发现罕见变异：更深的覆盖度和更高的数据精确性，极大地提高了对稀有变异的检测能力，为GWAS研究提供了强有力的技术补充手段。

更经济有效：与全基因组重测序相比，具有更深的覆盖度、更高的数据准确性和更低的成本优势

　　(1)外显子组测序：外显子区域的功能注释信息较为全面，且绝大部分疾病或性状相关的变异位于外显子区域，因此，外显子组测序可更为经济有效的发现疾病或性状相关的变异，并结合公共数据库的注释信息方便开展变异序列的生物学意义研究。

　　(2)目标区域深度测序：可大样本、高通量的深入研究目标区域的遗传变异情况，比PCR更为经济有效。

数据分析

数据产量统计分析

测序深度分析

覆盖度均一性分析

参考序列mapping

SNPs和InDels检测

基因注释分析

样品要求

样品类型：细胞、新鲜组织或DNA样品。

样品量：细胞样品请提供至少2×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，DNA样品请提供40 μg以上的DNA。

样品质量：基因组DNA无明显降解，主带清晰，大于23Kb，无明显弥散。OD260/280值在1.8~2.0之间，浓度≥500 ng/μl。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可液氮冻存后，-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

参考文献

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途