简化基因组-RAD

 　　RAD（Restriction-site Associated DNA）是与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA。基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq）对酶切获得的RAD tag进行高通量测序，大幅降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP位点。RAD-Seq基于SNP位点的分子标记技术，性价比高、稳定性好，可用于群体进化研究、遗传图谱构建、QTL定位和辅助 scaffold组装到染色体等领域。

技术优势

1. 高密度、高覆盖度：获得贯穿整个基因组的高密度分子标记；
2. 精确度高：采用DISR生物信息分析流程，保证SNP的高准确性；
3. 性价比高：基于酶切简化的基因组DNA，数据量低，特别适合大样本量研究；
4. 快速高效：只需3-4个月即可完成大样本的图谱构建或群体进化研究。

研究内容

1. 标准信息分析；
2. 测序数据基本分析；
3. RAD tag 产出数据统计；
4. 对于无参考基因组的物种，进行个体 RAD tag 聚类与群体 RAD tag 聚类；对于有参考基因组的物种，与参考基因组进行比对；
5. SNP检测、注释及统计；
6. 高级信息分析——遗传图谱构建；
7. 基因分型；
8. 遗传图谱构建；
9. QTL 定位（需提供表型数据）；
10. 遗传图谱整合（需提供同一作图群体原图谱数据）；
11. 高级信息分析——群体进化研究；
12. 群体进化树分析（Phylogeny tree）；
13. 群体结构分析（Structure）；
14. 群体主要成分分析（PCA）；
15. 连锁不平衡分析（LD）。

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