Label-free技术即非标记定量蛋白质组分析技术，是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做标记，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样本中相应肽段的信号强度，从而肽段对应的蛋白质进行相对定量。

技术原理
每条肽段的丰度（量）与其在MS1中的峰面积或信号强度成正比；而不同样本的同一条肽段在色谱上的保留时间是一致的，因此，可通过对比MS图谱，再整合到相应蛋白，实现对蛋白质在不同样本中的相对表达水平的定量分析。

实验流程
提取样本中的总蛋白，取出一部分做蛋白浓度测定及SDS-PAGE检测，另取部分进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段除盐后，对样本进行质谱分析及数据分析，如图所示


技术特点
1、无需标记，操作简单；
2、不受比较样品数限制；
3、对实验操作稳定性、重复性要求高，要求至少做三次技术重复或生物重复；
4、准确性较标记定量差。

应用领域
1、适合大样本量的定量比较
2、对无法用标记定量实现的实验设计，易用label-free技术
3、要求物种具有蛋白质参考数据库、EST序列（转录组）或基因组注释信息



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