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易基因:高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇|干货系列
发布时间:2023-03-15 16:35
- 此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面:简单验证转录因子或组......
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易基因:RRBS揭示晚年锻炼可以减缓骨骼肌表观遗传衰老(甲基化年龄)|新研究
发布时间:2023-03-09 11:33
- 2021年12月21日,美国阿肯色大学、德克萨斯大学和肯塔基大学的研究人员合作在《Aging Cell》杂志发表了题为“Late-life exercise mitigates skeletal muscle epigenetic aging”的Short Take研究论文,该研究通过使用简化甲基化......
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RRBS单碱基绘制580种动物的基因组规模DNA甲基化谱:Nature子刊
发布时间:2023-03-07 12:02
- 2023年01月16日,奥地利科学院分子医学研究中心(CeMM)研究团队在《Nat Commun》杂志发表了题为“Comparative analysis of genome-scale, base-resolution DNA methylation profiles across 580 ani......
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ChIP-seq等组学研究鉴定出结直肠癌的致癌超级增强子:Nature子刊
发布时间:2023-03-07 11:58
- 超级增强子(Super enhancer)是一类包含多个普通增强子的大簇,主要富集高密度的转录因子、辅助因子及增强子相关表观修饰位点。与普通增强子相比,超级增强子具有更高的转录激活能力,在细胞类型特异性发育、分化以及肿瘤的发展进程中发挥关键作用。超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强......
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ChIP-seq等组学研究鉴定出结直肠癌的致癌超级增强子:Nature子刊
发布时间:2023-03-07 11:58
- 超级增强子(Super enhancer)是一类包含多个普通增强子的大簇,主要富集高密度的转录因子、辅助因子及增强子相关表观修饰位点。与普通增强子相比,超级增强子具有更高的转录激活能力,在细胞类型特异性发育、分化以及肿瘤的发展进程中发挥关键作用。超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强......
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独家分享:高通量测序后的下游实验验证方法—DNA甲基化篇|易基因
发布时间:2023-03-07 11:55
- 此前,我们分享了DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路(点击查看详情),进而鉴定出研究的目的基因或目标区域的DNA甲基化。做完测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。DNA甲基化研究的后期验证包括简单验证、全基因组甲基化干扰实验(非靶向)、靶向目标基因的甲基化/去甲......
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干货分享:DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路|易基因
发布时间:2023-03-07 11:51
- 总体来说,DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先,进行整体全基因组甲基化变化的分析,包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次,进行甲基化差异水平分析,筛选具体差异基因,包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR......
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干货系列:m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路|易基因
发布时间:2023-03-07 11:47
- 关于m6A甲基化研究思路(1)整体把握m6A甲基化图谱特征:m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析(2)筛选具体差异m6A peak和基因:差异m6A......
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干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇|易基因
发布时间:2023-03-07 11:42
- 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。此前,我们分享了m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路(点击查看详情),进而筛选出m6A修饰目标基因。做完MeRIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。m6A RNA甲基化修饰目标基因的进......
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90天见刊!易基因m6A RNA甲基化(MeRIP)+转录组组学研究
发布时间:2023-03-01 11:53
- 易基因m6A RNA甲基化测序(MeRIP-seq)研究快速出成果,自送样到见刊仅90天 近日,福建医科大学朱安团队利用m6A甲基化测序及对应的转录组分析研究胡蔓藤碱乙(Humantenine)对人结肠癌细胞HCT116的 mRNA m6A修饰及表达的影响。研究成果以“Effect of ......
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