中国科学院上海巴斯德研究所
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国内合作
◆上海巴斯德研究所与中国医学科学院病原生物学研究所签订合作协议
10月22日，上海巴斯德所与中国医学科学院病原生物学研究所在上海签署了合作协议，双方将充分发挥各自在基础和临床研究方面的特色，通过优势互补开展持续性的合作研究。认真落实已建立的合作研究项目，联合培养专业人才，共同推进传染病领域的科技创新，促进各自的发展。
◆上海巴斯德所与中国疾病预防控制中心签署科学研究合作协议
2009年8月25日，中科院上海巴斯德研究所与中国疾病预防控制中心在北京签署了科研合作协议。
上海巴斯德所和中国疾病预防控制中心具有共同的使命，即服务于国家的公共卫生事业。双方在基础研究和临床应用研究方面具有互补性。合作的内容将根据我国重大传染病和新发传染病防控的需求，聚焦相关科学问题，开展疾病诊断技术、新型疫苗、疾病发病机理、预警系统等基础及应用研究。
◆上海巴斯德研究所与上海生物制品研究所签署合作备忘录
2009年6月19日，中科院上海巴斯德研究所和上海生物制品研究所签署合作备忘录。
上海生物制品研究所隶属于中国生物技术集团公司，是一所集生物制品研究开发与生产经营为一体的国有大型高新技术企业。生产和研究开发针对病毒性疾病的疫苗是上海生物制品研究所重要的工作任务之一。上海巴斯德研究所和上海生物制品研究所将发挥各自优势，加强传染性及新发传染性疾病从基础研究到产业化的合作，为提升上海地区和中国的抗感染性疾病能力做出应有的贡献。双方将建立长期研究合作关系，联合培养人才，面向国内和国际市场，开展高效疫苗与诊断试剂的创新研究。
◆上海巴斯德研究所与上海市疾病预防控制中心签署新生病毒性传染病研究合作协议
2008年11月28日，上海巴斯德研究所和上海市疾病预防控制中心签署了《关于新生病毒性传染病研究合作协议》。
该项合作协议聚焦在病毒性感染性疾病研究领域(引发呼吸道感、腹泻和脑炎的主要病毒)，双方研究人员将合作开展呼吸道常见病原体筛查和呼吸道新发病原体的应用基础研究，提高呼吸道和神经系统传染病诊断技术水平，建立和完善呼吸道和神经系统感染性传染病和新生病毒的实验室预警系统，为控制突发和新发传染性疾病提供平台和技术支撑。
◆上海生命科学研究院/上海巴斯德研究所与新疆医科大学/第一附属医院共建“感染与免疫”联合实验室
2008年9月25日，上海生命科学研究院/上海巴斯德所与新疆医科大学/第一附属医院共建的“感染与免疫”联合实验室签字揭牌仪式在新疆医科大学附一院医学研究中心举行。
根据协议，双方通过合作建立一个高水平的基础与临床紧密结合的联合实验室，并依托联合实验室这一研究平台，充分利用各自资源，发挥各自优势，开展符合国家战略需求的重大感染性疾病的基础与临床研究，为满足国家战略需求、增强科技创新能力并提高上海和新疆地区传染性疾病的防控能力做出重要贡献。 该项目也是上海生命科学研究院和新疆科技厅的框架合作协议下的一项实质性合作内容。
◆上海巴斯德研究所与上海市疾病预防控制中心(上海市预防医学研究院)签署科研合作协议
2007年11月16日上午，中国科学院上海巴斯德研究所与上海市疾病预防控制中心(上海市预防医学研究院)签署了科研合作协议。
双方将通过建立长期的战略合作伙伴关系，开展创新性研究，共享设施和设备，优势互补，就共同关注的与我国公共卫生及健康相关的课题联合开展深入研究，为2010年上海世博会期间的疾病防控提供理论与技术支撑，为提高上海及国家传染性疾病的预防和控制能力做出贡献。
国际合作
◆法国巴斯德研究所/上海巴斯德研究所与阿海珐基金会续签新生传染病研究与预防合作协议
2008年11月26日，法国巴斯德研究所和上海巴斯德研究所与国际著名法国阿海珐集团及所属阿海珐基金会在巴黎续签合作协议。根据新的协议，阿海珐将继续资助上海巴斯德研究所在抗击新生传染病领域开展高水平科研培训、资助中国青年科研人员、艾滋病预防和治疗策略的研发、向公众宣传传染病预防知识，并将在教育培训方面设立AREVA-PASTEUR 奖。
◆上海巴斯德研究所与道达尔集团签署加强中国病毒性肝炎预防合作项目协议
2008年5月14日，道达尔集团与巴斯德研究所在上海签署了一项为期三年的科学合作项目，共同致力于加强中国病毒性肝炎的预防。
根据协议，道达尔将在未来三年向上海巴斯德研究所提供500万元人民币的资助。双方的合作主要涵盖三个战略性领域，包括：病毒性肝炎的基础、应用研究，病毒性肝炎培训，以及面向公众的病毒性肝炎预防知识宣传活动。
本次赞助项目是道达尔集团于2005年10月与巴斯德研究所达成的一项为期五年的全球合作协议内容之一。根据合作协议，道达尔在2005-2009年期间向巴斯德研究所资助1,000万欧元，共同致力于加强预防及治疗传染性疾病的科学研究和人力资源配置。
