6月16日，香港科技大学3名教授离开南科大团队，并发布联名公开信《要改革不要口号》，直指南科大现存的多种问题。6月22日，南科大学生家长发表公开信支持南科大和朱清时，称港科大3名教授无视南科大的努力。朱清时表示，现在南科大正处于最困难时期，家长们能站出来写公开信，与南科大同甘共苦，他很受鼓舞。对于港科大3名教授的质疑和批评，朱校长也一一作出了回应。

　　作为一名65岁的长者，朱清时校长一向给人温文尔雅的印象，但是这一次，他对港科大3名教授的激烈“反击”让人有些意外，比如透露他们离开其实与报酬有关，批评他们的做法不厚道，与45名学生相比，“某些老师应该汗颜”，等等——这几乎是与旧日合作伙伴撕破脸皮了。朱校长的激烈反应，印证着南科大“内忧外患”之严重。南科大教改何去何从?大家都在这样问。

　　港科大3名教授对南科大教改提出的批评意见，单纯地看有其道理，比如“自主招生、自授文凭”绝不是高教改革的核心，不应该鼓动学生拒绝参加高考，“高校去行政化”不能沦为哗众取宠的口号。但是，若把这些批评置于现实国情下考量，不得不说，3名教授的批评就有些不切实际了。譬如，“自主招生、自授文凭”在香港已经不是高教改革的核心，但在内地，这也许就是目前的一个教改突破口，是必须迈出的第一步。