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中科院PLosONE文章发表转录组研究新成果
来自中科院动物研究所和山西大学生命科学与技术学院的研究人员联合发表了题为“Large-Scale Transcriptome Analysis of Retroelements in the Migratory Locust, Locusta migratoria”的论文，公布了对飞蝗(Locusta migratoria)的大规模转录组分析结果。相关成果发布在《PLos ONE》杂志上。
领导这一研究是中国科学院动物研究所农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室主任，其长期以昆虫作为模式系统，开展生态基因组、抗寒性以及化学生态及行为学研究。2011年当选中国科学院院士。
反转录子(Retroelements)通过RNA介导的转座可成功移位到真核生物基因组中，被认为是基因组大小的一些重要调控因子。飞蝗是一类具有大型基因组的昆虫，它的基因组有可能经历了反转录子的扩增。对其进行深度转录组测序分析将有助于阐明反转录子的结构、多样性和表达特征。
在这篇文章中，研究人员将来自深度RNA测序的数据进行了从头组装(de novo assembly)，在蝗虫转录组中鉴别出了105种反转录子。系统进化分析逆转录酶序列在飞蝗转录组中揭示出了1个 copia、1 个BEL、8 个gypsy 和23个非长末端重复(non-long terminal repeat，non-LTR)反转录子。利用可分析全长LTR反转录子的新方法，共有5种全长LTR反转录子和2种包含反转录转座(retrotransposition)完整结构的全长non-LTR反转录子被确定。结构分析表明所有这些反转录子有可能近来被激活或是丧失了转录转座的活性。表达谱分析揭示反转录因子在卵期显示一种独特的表达模式，展示了在第五次蜕变和成年期独居蝗虫与群聚蝗虫之间差异性的表达图谱。
新研究是首次对反转录子进行从头转录组分析。这一研究工作有助于全面了解飞蝗转录组中反转录子的图谱。更重要的是，研究结果揭示非LTR反转录子在飞蝗转录组中是极其丰富且多样的。
