审计署6月27日在其官方网站公布了科学技术部2010年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果。通报指出，部分在研项目课题经费管理使用不够严格和规范。审计2010年的99个支撑计划在研项目普遍存在不符合专项经费管理办法及其他财经制度规定的问题，涉及金额10254.77万元。
支撑计划项目中存在的问题包括：部分在研项目课题经费管理使用不够严格和规范。审计2010年的99个支撑计划在研项目普遍存在不符合专项经费管理办法及其他财经制度规定的问题，涉及金额10254.77万元，其中2010年4555.01万元。
此外，部分在研项目配套资金到位率低，有的虚假配套。截至2010年底，支撑计划的15个在研项目部分课题应配套资金1.39亿元，实际到位0.34亿元，到位率仅为24.46%;20个在研项目部分课题使用其他项目财政资金等配套1.42亿元，占应配套资金2.87亿元的49.48%。