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单分子测序揭示艾滋病毒可变剪切新模式
最新一期Nucleic Acids Research上发表了一篇利用PacBio单分子测序方法对HIV-1病毒转录组可变剪切模式的研究。HIV-1病毒是一种典型的RNA病毒，其基因组比目前已知的任何一种病毒基因组都复杂。HIV-1只有一个转录起始位点，却有多种剪切异构体，是研究可变剪切的一种较好模型。
在采用第二代测序平台研究转录组的可变剪切时，生成的片段过短，需要进行片段拼接后才能分析选择性剪切。然而片段拼接会失去转录组可变剪切的真实信息，往往只能通过猜测和推断来分析剪切位点。而单分子测序则不同，其生成的长片段能够使研究者们一次性完成对cDNA的通读，直接识别剪切位点。
PacBio 单分子测序的一大突出优势就是读长长，利用这样的长读长研究者们就能够更容易的分析选择性剪切模式。在这项研究中研究人员先将HIV-1的转录组进行反转录，随后再进行cDNA测序。研究人员分别提取不同病人体内感染了HIV-1病毒的T细胞和HOS细胞中的RNA，反转录获得了病毒的cDNA产物，而后在PacBio平台上进行单分子测序。通过分析，他们发现了109个HIV-1独有的可变剪切产物，其中两个还编码新的蛋白。研究表明，HIV-1的剪切模式具有很大的异质性，在不同细胞、不同病人中其剪切模式和异构体明显不同，而且即使是在同一细胞同一病人中，在不同的时间段剪切模式也会发生改变。
该研究证实，PacBio生成的长读长数据能够很好的帮助研究人员进行转录组研究，有助于在大范围内对可变剪切位点进行直接分析。此外PacBio的CCS测序模式能够提供准确度非常高的序列数据，使得转录组可变剪切位点分析更加准确。
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