十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示,新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人员的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。

  随着测序成本的持续下降,人们已经破译了许多生物的基因组。不过新一代测序产生的读取数据大多比较短,存在一定的技术限制。Pacific Biosciences公司的单分子实时测序(SMRT)是一种长读取测序技术。为了更好的利用这些长读取数据,研究人员开发了一种开放源代码基因组装配程序——FALCON-unzip。

  研究人员用这种方法成果获得了高质量的杂合子基因组草图,包括拟南芥杂交F1代、红葡萄赤霞珠(cabernet sauvignon)和珊瑚菌(Clavicorona pyxidata)。赤霞珠是世界上最受欢迎的酿酒品种,“这些新技术让我们能够快速了解赤霞珠从亲本遗传到的基因信息,鉴定遗传标记进而培育性状更好的新品种,” 加州大学戴维斯分校的Dario Cantu说。