WGS能够分析一个生物体99%的基因组成,且容易存储数据并在需要时回头查看。一次基因组测序可以替代多种基因检测,例如毒素检测、耐药性检测和基因分型。WGS还能检测到一些我们没有关注的东西。 ...
这些技术可检测病原体的型别,但分辨率较低,对于相似或变异度极高的病原体如病 毒等则常无法区别,而 NGS则弥补了此项缺陷,其可检测病原体全基因组序列,获得全部遗传信息,被认为是分辨率最高的病原体分型方法。近年来,随着抗生素的不规范使用甚至滥用,使细菌耐药情况日益突出,耐药菌株在医院内的暴发流行时有发生。因此,对流行细菌进行追踪和溯源十分重要。...
对两个原始土壤样品和16个富含培养物的样品进行了PacBio SMRT全长360S rRNA基因测序。此外,对两个原始土壤和七个选定的富含培养物的样品进行了鸟枪法宏基因组测序。将每个富含培养物的样品储存在-25°C的甘油(80%,v / v)中,其中两个(BM11和RM11分别在30°C下通过散装和根际土壤在M11琼脂上培养)用于第二轮恢复性分离。...
测序技术在食品安全相关病原鉴定与溯源中的应用有:1.基于全基因组多态性数据库的建立;2. 查找突发食品安全相关传染病疫情的溯源;3. 新发食品安全相关传染病疫情的鉴定;4. Metagenomics技术的应用。宏基因组测序技术在新病原发现与确认中发挥重要作用。但同时在大数据时代全基因组多态性数据库的建立面临的挑战是:数据标准;共享机制;分析策略;法律效应。...
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