质谱数据采集和仪器控制策略对于蛋白质组学研究十分重要，现代质谱仪采用了一些自动化策略来提高质谱的分析能力，常见的控制策略如：

　　（1）自动增益控制 控制进入质量分析器中的离子数量，特别是对于离子阱质谱来说尤为重要，因为大量离子产生的空间电荷效应会影响仪器的分辨率和质量精度。为了提高图谱质量，离子阱系列仪器采用了动态增益控制（Automatic gain control, AGC），就是在正式的图谱扫描之前加上一次采样时间固定的预扫描。自动增益会导致不同肽段的图谱采样时间不同，在依赖于MS图谱信号强度的定量分析中应该考虑。

　　（2）母离子监测和排除 目的是增强质谱选取母离子的目标性，分析更多的肽段母离子。在仪器控制软件中，可以设置母离子监测和排除列表。仪器控制软件会优先考虑监测列表中的母离子进行二级分析，而根本不会对排除列表中的母离子进行分析。这个技术对重复实验来说，可以去除已经分析过的肽段，从而使质谱仪能够“抓取”更多的肽段；并且可以监测感兴趣的目标，提高分析的效率。

　　（3）动态排除时间 这个设置和母离子排除有些相似，为避免某个母离子被多次重复鉴定，而将采集时间留给还没有被鉴定过的肽段，所以会将进行过二级碎裂的母离子记录下来在首次碎裂后一段时间内不再进行分析。之所以不是在首次二级分析后永远不再分析，是因为在某个离子峰都有一段洗脱时间，当这段时间后再在这个质荷比范围出现的信号很可能就是其它离子，所以动态排除有一个时间范围。这个时间范围是质谱使用者根据日常色谱峰出峰情况来设置的。另外虽然理论上某个母离子在首次发现并立即被进行二级分析后，应该就不在被分析，但往往对于单个母离子来说，其首次被质谱一级扫描发现时强度并不高，这样低强度下的二级扫描往往因为碎片粒子不够丰富而得不到较好的二级碎片离子信息。所以动态排除时间也不能长于一个离子的整个出峰时间。

　　（4）结果驱动策略 由于质谱仪在捕获母离子进行二级分析的时候，仅仅能够利用质荷比和信号强度的信息，导致产出的二级图谱有效率不高，有很多图谱是噪声图谱。一种直观的想法就是，首先进行预分析，确定样品中可能的候选蛋白质，从而确定可能的母离子列表，然后有目的的检测母离子，验证候选蛋白质是否存在。这种策略可以提高质谱分析的目的性，减少噪声图谱的产生。但是需要质谱平台软件和硬件的支持，在基于MALDI源的质谱平台上易于实现。