求解HP 模型蛋白质折叠问题的改进PERM算法

上一篇 / 下一篇  2008-12-31 20:08:13/ 个人分类：蛋白质

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摘　要　PERM 是一种用来求解基于HP 模型的蛋白质折叠问题的高效算法1 在介绍PERM 算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM 算法1 对当前文献中的多个典型算例进行了测试,并与Monte Carlo 算法和PERM 进行了比较1 结果表明, 改进后的PERM 算法在计算速度上比PERM 有明显提高,在速度和优度上远高于Monte Carlo 算法1 特别是对链长为46 的算例,找到了比文献中报道的结果能量更低的构形1



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TAG: hpperm模型算法蛋白质折叠增长型算法

 

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