solexa/454大规模测序数据分析

Illumina/Solexa Genome Analyzer平台及罗氏诊断公司推出Genome Sequencer FLX System (GS FLX)平台作为第二代基因组测序系统，在技术上大有取代传统生物芯片的趋势。目前主要有三种应用：一是ChIP-seq是ChIP-chip的升级版，其精确度和敏感度高。二是RNA-Seq，该技术会在一两年内取代expression microarray作为标准的测量基因表达的技术。还有一个是SNP discovery，我们认为也会很快取代genotyping array成为标准的SNP检测技术。

由于Solexa/454平台产生海量的数据，对后续的生物信息学分析提出了更高的要求，针对这一趋势，本公司利用R语言平台及Matlab平台，开发了一套针对大规模测序平台的数据分析系统，现在可以为客户提供如下分析高级分析服务：

• 与miRNAs数据库(miRBase)进行比对
• 将reads定位到基因组，并发掘其在染色体上的分布
• 通过与ESTs和/或 mRNAs的比对鉴定候选siRNA
• 通过生物信息学方法鉴定新的候选miRNAs
• 对sRNA进行归类
• sRNA的跨物种保守性
• 预测miRNAs的候选靶向位点
• 构建不同样品的sRNA表达谱
• RNA editing
• Seed seq distribution
• Viral miRNA mapping
• Bidirection-microRNA hunting

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途