产品简介       

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

  ChIP-Seq首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

  应用领域：

  •  判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型

  •  精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点

  •  组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究

  •  转录因子结合位点和功能研究

  产品优势：

  •  检测覆盖范围广：全基因组范围内扫描目标区域；

  •  检测分辨率高：更利于精确定位目标区域；

  •  样本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；

  •  可靠性好：避免了非特异性杂交，背景低；

  •  性价比高：花费较少即可检测全基因组，获取准确丰富的信息。

  技术路线：

内容分析      

   1.基本信息分析

  按照标准过滤原则对将raw data过滤成clean data；

  raw data及clean data的数据量及Q20、Q30统计；

  raw data及clean data测序质量分布图，GC/AT含量分布图，duplicate rate统计。

  2.标准信息分析

  比对到参考基因组并统计比对结果（需提供参考基因组信息）；

  Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；

  去除multiple  identical序列；

  确定转录结合位点和组蛋白标记；

  Peak相关基因的GO注释分析；

  多个样本间peak及相关基因的差异分析。

  3.高级信息分析

  根据客户的具体研究目的所开展的深入分析。

  样品要求：

  1. 样品类型：ChIP-DNA；

  2. 样品浓度：≥10 ng/µl；

  3. 样品总量：≥100 ng；单次实验用量为30ng时实验的可重复性较好，因此请尽可能提供较多的样品；若单次ChIP后DNA量不够，建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起；

  4. 样品纯度：OD260/280为1.8~2.2；

  5.DNA片段大小：分布在100~500bp范围，且主要片段在～250bp（清晰的电泳图或2100检测结果）。

案例分析 

ChIP-seq研究干旱胁迫下水稻的组蛋白修饰

  干旱胁迫是一种严重的、具有代表性的非生物胁迫，是农业生产的重要制约因素。植物一般通过调节上千种胁迫相关的基因来抵抗非生物胁迫。本研究对4叶期的水稻幼苗进行干旱处理，进行RNA-seq和ChIP-seq，分析组蛋白甲基化修饰对基因表达调控的作用。

  干旱条件下差异基因和H3K4me3修饰相关性分析

  参考文献：

  1. Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress (Plant Mol Biol, 2013, IF = 4.257)

ChIP-seq信息由南京集思慧远生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于ChIP-seq报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途