DNA甲基化芯片技术服务

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生物芯片

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可以做哪些实验，检测什么？可以用哪些耗材和试剂？

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DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法应运而生。其中，MeDIP-chip(MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation)是目前高通量分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的实验技术，运用该技术，可以检测全基因组范围内的甲基化位点；研究启动子甲基化对基因的调控；比较不同组织、细胞、肿瘤等的甲基化图谱以及寻找诊断和预后的分子靶点。

康成生物为您提供甲基化芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，包括超声打断基因组、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP与 Input DNA片段线性扩增、荧光标记、芯片杂交、图像采集和数据分析、并提供完整的实验报告。

Roche-NimbleGen甲基化芯片

Roche-NimbleGen为表观基因组学研究者提供灵敏度高、特异性佳、重复性好的DNA甲基化芯片。为满足不同的研究需求，NimbleGen针对不同的基因组区域分别设计了CpG-Promoter芯片、启动子芯片、全基因组Tiling芯片和microRNA DNA甲基化芯片。至今，已有很多利用NimbleGen的MeDIP-chip技术的研究成果发表于国际顶级期刊。

Roche-NimbleGen CpG promoter芯片：

单芯片设计覆盖所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区，也是目前市面上唯一一款将CpG与promoter区域都覆盖的芯片。覆盖了人的28226个CpG岛，小鼠的15963个CpG岛，大鼠的15809个CpG岛。人的启动子区覆盖范围为1kb，小鼠和大鼠为1.8kb（小鼠与大鼠基因组的CpG岛的出现频率比人低）。特别针对小的CpG岛向两翼延伸使之达到700bp的覆盖范围从而更可靠地被检测。

NimbleGen新推出的人与小鼠的2.1M高密度芯片与传统的385K芯片相比，覆盖的CpG岛个数相同，但是对基因启动子的覆盖范围更广（超过10kb），同时还覆盖了人与小鼠的microRNA，信息量更全。

产品目录号	产品名称	物种	芯片格式	探针解析度
05463289001	081229 HG18 Deluxe MeDIP HX1	Human	1 x 2.1M	18028 promoters: -7.3kp ~ +3.3kb; 28226 CpG islands; 475 miRNAs: -15kb through mature miRNA
05463319001	090316 MM9 Deluxe MeDIP HX1	Mouse	1 x 2.1M	17354 promoters: -8.2kp ~ +3kb; 16002 CpG islands; 510 miRNAs: -20kb through mature miRNA
00892	2006-11-02 HG18 CpG Promoter	Human	1 X 385K	覆盖转录起始位点上游 800bp至下游200bp，以及28226个CpG islands
00893	2007-02-27 MM8 CpG Promoter	Mouse	1 X 385K	覆盖转录起始位点上游 1300bp至下游500bp，以及15963个CpG islands
C7120-00-01	080212 RN34 CpG Island Pro	Rat	1 X 385K	覆盖转录起始位点上游 1300bp至下游500bp，以及15809个CpG islands

Roche-NimbleGen 启动子芯片：

芯片探针根据RefSeq数据库设计，包括RefSeq数据库中所有已被研究清楚的基因（带NM前缀的RefSeq基因）。人和大鼠的启动子覆盖范围为2.8kb，小鼠为2.6kb，覆盖区探针平均间距为100bp。探针使用50-75mer的长寡核苷酸，可达到统一的杂交温度并提供更高的信噪比和灵敏度。实验使用双色方案，对杂交在一张芯片上的免疫沉淀（IP）组分和对照（Input）组分同时进行分析，可消除不同样本间基因拷贝数差异引起的信号偏差。

产品目录号	产品名称	物种	芯片格式	探针解析度
C4226-00-01	HG18 RefSeq promoter	Human (人)	1 X 385K	覆盖18028个基因启动子，转录起始位点上游 2.2kb至下游0.5kb
C4222-00-01	MM8 RefSeq promoter	Mouse（小鼠）	1 X 385K	覆盖17354个基因启动子，转录起始位点上游 2kb至下游0.5kb
C4495001-00-01	RN34 RefSeq promoter	Rat（大鼠）	1 X 385K	覆盖15398个基因启动子，转录起始位点上游 2.25kb至下游0.5kb
C4499001-00-01	ATH6 min promoter	Arabidopsis（拟南芥）	1 X 385K	覆盖转录起始位点上游 1200bp至下游300bp

Roche-NimbleGen全基因组Tiling芯片：

每套芯片以100bp或更小的平均间距覆盖全基因组，可以研究基因间及基因转录本内DNA甲基化对基因的作用。芯片涉及物种除常规的人，大鼠，小鼠之外，还包括果蝇、线虫、酵母、大肠杆菌等重要的模式生物。

产品目录号	产品名称	物种	芯片格式	探针解析度
C7257-SET-01	HG18Tiling Set HX1(10-array set)	Human（人）	2.1M X 10	探针平均间距100bp
C7273-SET-01	MM8Tiling Set HX1(10-array set)	Mouse（小鼠）	2.1M X 10	探针平均间距100bp
C7290-SET-01	RN34Tiling Set HX1(10-array set)	Rat（大鼠）	2.1M X 10	探针平均间距100bp

microRNA DNA甲基化芯片

2008年生物学家开始关注microRNA自身的调控机制，研究发现肿瘤组织中一些具有抑癌作用的microRNA发生了DNA甲基化，其转录被抑制，从而引起了癌症发生及肿瘤转移。目前microRNA的DNA甲基化调控成为生物学研究的新热点。Roche-NimbleGen推出的3款甲基化芯片及我们康成生物公司设计的一款甲基化芯片（芯片制作仍由NimbleGen完成）就可以用来高通量研究人及小鼠的microRNA受到的DNA甲基化调控。

产品目录号	产品名称	物种	芯片格式	探针解析度
KangChen设计 Roche NimbleGen定制	Human miRNA Tiling	Human（人）	1 X 385K	覆盖542个人的miRNAs
				基因间：pre-miRNA序列-50kb～+10kb
				基因内：宿主基因-20kb～转录本末
				2700个CpG islands：-150kb～+150kb
C6782-00-01	HG18 ncRNA Tiling	Human（人）	1 X 385K	覆盖462个人的miRNA：-12.5kb～ 7.5kb
				覆盖375个snoRNA：-12.5kb～ 7.5kb
				覆盖89个piRNA clusters：-10kb～ 10kb
C7291-00-02	HG18 Deluxe Promoter HX1	Human（人）	1 x 2.1M	覆盖转录起始位点上游7.25kb至下游3.25kb，以及28226个CpG islands，475个miRNA（上游15kb至转录本末）
C7244-00-01	MM8 Deluxe Promoter HX1	Mouse（小鼠）	1 x 2.1M	覆盖转录起始位点上游8.2kb至下游3kb，以及15963个CpG islands，249个miRNA（上游20kb至下游1kb）

康成生物DNA甲基化芯片技术服务实验流程

1. 超声打断基因组

将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段；

2. 甲基化DNA免疫共沉淀

a) 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份；

b) 其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗体。

c) 用免疫磁珠法分离b步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉；

d) 纯化免疫共沉淀的DNA片段（MeDIP）；

3. MeDIP与 Input DNA片段线性扩增

使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段（MeDIP 与 Input）进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就能得到精确的检测结果；

4. 荧光标记

对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记；

5. 芯片杂交

标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交；

6. 图像采集和数据分析

用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告；

7. 提供实验报告包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表。

Scanning Image：Cy3、Cy5荧光扫描图像

Raw Data：包括每个探针的荧光信号强度原始数据。

Probe Report：经过校正得到每个探针的log2(MeDIP/input)值以及p-value值，log2(MeDIP/input)值代表每个探针在MeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示该探针越有可能代表一个甲基化事件，P-Value由修正的KS检验算法计算。

Peaks Report：Peaks代表可能的DNA甲基化区域，由专业商用软件计算，报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息。

Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考。

DNA甲基化芯片技术服务信息由上海康成生物工程有限公司为您提供，如您想了解更多关于DNA甲基化芯片技术服务报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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