大豆 355K SNP芯片

 大豆是重要的粮食和油料作物。SNP是第三代分子遗传标记，SNP芯片具有价格低、通量高、分析简单等特点，是分子育种领域的重要工具。南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/国家大豆改良中心与博奥晶典生物技术有限公司合作，运用Affymetrix® Axiom平台联合开发了大豆 355KSNP芯片。该芯片具有高密度、低成本、全覆盖、多用途的特点，可以应用于大豆种质资源基因型鉴定、品种鉴定、遗传多样性分析、大豆农艺性状的全基因组关联分析（GWAS）研究、功能基因/QTL定位与克隆、大豆分子设计育种（分子标记辅助选择、全基因组选择育种等）等。


产品优势


产品参数

• 全基因组范围覆盖

355,595个SNP位点从600多万个SNP筛选获得

• 标记分布均匀

标记均匀覆盖大豆20条染色体，93.6% SNP标记间隔小于9 Kb，标记间的平均物理距离为3.3 Kb


数据结果展示

• 群体结构分析和L D 衰减分析

• 人工选择信号分析

• G W A S 分析

应用案例

大豆粒重性状GWAS研究

• 研究背景

      大豆的驯化是在人类致力于开发高产品系的强烈的定向选择下形成。追溯大豆的驯化历史、鉴定驯化相关基因需要进一步研究。本文开发了一个高通量大豆355KSNP芯片，并利用这一芯片来研究367个大豆品系的遗传变异模式，包括105个野生型和262个栽培品系。群体遗传分析表明，栽培大豆可能起源于中国北部和中部，传播到其它区域，在此过程中伴随着粒重的逐渐增加。对大豆进行全基因组范围的人工选择检测，发现了选择性清除的信号，包括调控驯化相关农艺性状（如粒重）的基因。为了进一步鉴定粒重相关基因，对多个环境下的野生和栽培大豆进行了全基因组关联研究。发现在20号染色体上的一个强连锁不平衡区域与栽培大豆的粒重显著相关。综上，这些发现将为大豆基因组育种提供重要基础，并促进大豆功能基因组研究。
       Sci Rep. 2016 Feb 9;6:20728. 影响因子：5.228

• 研究路线

经典参考文献
Wang， Jet al. Development and application of a novel genome-wide SNP array reveals domestication history in soybean.Sci Rep.2016 Feb9;6:20728.

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途