Illumina染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）

Illumina染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）

简介

　　ChIP-Seq整合了染色质免疫共沉淀（ChIP）和高通量测序的技术优势，较ChIP-chip具有更大的开放性和精确性，可实现对任意物种的转录调控蛋白全基因组范围内DNA结合位点，为全面解析基因调控提供了新的支撑技术。ChIP-Seq首先利用抗体特异性地富集蛋白-DNA复合体，然后纯化DNA片段，并经末端修复、加A和加测序接头后，再经低循环数的PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳回收特定大小片段，完成测序文库制备的工作。构建好的文库经cBot扩增，用Illumina GAIIx进行测序，并通过生物信息学分析，鉴定出目的蛋白与基因组DNA结合的位点。

技术流程

技术优势

精确性高：基因组结合位点定位精确性可达±50bp。

可靠性高：比ChIP-Chip具有更低的背景，无交叉杂交非特异性。

检测动力学范围广：定量检测不同结合强度转录因子/组蛋白的结合特异性。

全面的分析：可在全基因组范围内鉴定结合位点，无需候选序列信息。

更经济的分析：花费只有全基因组ChIP-Chip的1/30～1/10。

更低的起始样品量：仅需低至10～50ng的免疫沉淀DNA。

样品要求

细胞样品：单次样品制备需大于2×10⁷细胞。1%甲醛固定细胞后，PBS清洗细胞3次，离心收集细胞沉淀，液氮速冻，-80℃保存，干冰运输。

ChIP DNA样品：样品量大于50ng，样品浓度不低于10ng/μl，OD260/OD280为1.8～2.0。DNA片段大小在100～500bp之间，主带明显。样品最好进行过ChIP-PCR验证。样品溶于超纯水中，放于DNase-free的不黏管中，管口用封口膜封好，干冰运输。

数据分析

1.原始数据产出统计

2.ChIP-Seq序列与参考基因组序列比对

3.ChIP-Seq唯一比对序列在参考基因组上的分布统计，包括在重复序列区、基因区和基因间区等区域的分布统计。

4.ChIP-Seq唯一比对序列在参考基因组中的覆盖深度统计

5.ChIP-Seq峰检测统计，包括峰数目、峰分布和峰宽度等

6.ChIP-Seq峰定量分析和差异分析测

7.Binding Motif预测

8.ChIP-Seq峰与下游基因的关联分析

9.下游基因的Pathway和Gene Ontology显著性富集分析

10.ChIP-Seq数据可视化分析，生成Genome Browser可以导入的文件

参考文献

1.Johnson DS, Mortazavi A, Myers RM, Wold B. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions. Science, 2007; 316: 1497-1502.

2.Ji H, Jiang H, Ma W, et al. An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-Seq data. Nat Biotechnol, 2008; 26: 1293-1300.

3.Rozowsky J, Euskirchen D, Auerbach RK, et al. PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-Seq experiments relative to controls. Nat Biotechnol, 2008; 27: 66-75.

4.Park PJ. ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology. Nat Rev Genet, 2009; 10: 669-680.

5.Illumina datasheet. Whole-Genome Chromatin IP Sequencing (ChIP-Seq).

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