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时下生命科学研究进入系统生物学时代，我们对健康和疾病的认识从单一疾病、单一靶点、单一药物的还原论认识时代进入复杂疾病、多靶点、复合药物（中药）的综合认识的时代，与之相适应，以超大规模、高通量、超低价格的多基因、多因子、细胞间关联的功能基因组学技术正在迅速崛起。在此基础上基因组学研究内容已转变成为比较基因组学，如通过比较病人与对照个体、癌变组织与癌旁正常组织的各基因结构、基因拷贝数及其表达的差异，来探索研究病变病理和发展转移，通过人为基因导入或RNAi导入等引起的机体（细胞）表型变化来阐明基因组中的各个基因功能。