Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片

高分辨率的基因芯片，支持所有转录本异构体的全转录组分析

研究表明，数万个人类基因中包含了几万个外显子，他们产生了几十万个不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或去除时，这些转录本异构体就产生了。选择性剪接的五个基本模式为:

• 外显子跳跃 ( Exon skipping )

• 选择性3' 端供体位点 ( Alternative3' donor sites )

• 互斥外显子 ( Mutually exclusive exons)

• 内盒子保留( Intronretention )

• 选择性 5'端供体位点 (Alternative 5' donorsites )

上海伯豪利用Affymetrix 新开发的 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 芯片为您提供支持所有转录本异构 体的全转录组分析。同时，针对超过 40,000个非编码转录本的探针设计，还可帮助您对非编码 RNA进行分析。

芯片及服务特点

• 包含超过六百万条不同探针，覆盖编码和非编码转录本 。

• 芯片设计和注释的数据库来源包括：

• 该芯片为每个外显子设计约10条探针，每个外显子之间的剪接点有4条探针。确保每个实验室都能获得完整、准确和可重复的数据。

-个典型的基因 (LMNB1 ，如下图所示)包含了许多转录本异构体，测定每个转录本异构体相对丰度的变化为疾病和生物学研究提供 了新的启示. HTA提供了外显子和亚外显子水平的表这变化分析，同时能检测可变剪切所产生的转录本异构体.每个独特外显子区域 都设计了10条探针以检测一个篡因所有转录本异构体.此外，HTA为每个己知的可变剪切位点设计了 4条特异的探针(未在图中显示) ，每个基因平均有140条探针.通常 RNA-Seq实验只和RefSeq数据库进行比对分析，在这个例子中， LMNB1基因只有3个转录本异构体可以通过 RNA-Seq检测到（第2、3和13条转录本异构体)。HTA整合了多个数据库的内窑，实现了了所有的15个转录异构体的 全面分析。

• 与RNA-Seq比较数据：

对于RNA-Seq，测序的深度以及表达水平都影响精确性；GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0（HTA）无论转录本丰度高低均能提供精确的基因表达数据。

通过-个线性样本混合物模型( Linear Tissue MixtureModel)评估了所育外显子的表达水 平检测的准确性 ，该 模型根据预先设定的比例混合两个 RNA标准品. y轴是 检测错误或(D-Cν(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation， 平均绝对偏差)的绝对值，其中标准品 A= Universal Human Reference RNA(UHRR) ，AgilentTl hnologies，nI c.; 标准品B= Human Brain Reference RNA (HBRR) ，Life Technologies，n!c.; C=75%A+25% B; D=25%A+75%B。 HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeqT 2000系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.

 RNA- Seq 的准确性取决于测序深度。 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0( HTA)提供了准确的结果 ，真准确性相当于2个Lane的RNA-Seq数据。

通过一个线性样本混合物模型(Li near Tissue Mixture Model)评估了所有外显子的表达水平检测的准确性 ，该模型根据预先设定的比 例混合两个RNA标准品。 y轴:是检测错误或(D-C)j(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation，平均绝对偏差)的绝对值，其中标准品 A=Universal Human Reference RNA(UHRR) ，Agilent Technologies，Inc. ;标准品B=Human Brain Reference RNA(HBRR) ， Life Technologies ，lnc. ; C=75%A+25%B ; D=25%A +75%B. HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeq 2000 系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.

• 重复性高（批内相关系数≥0.99），所有检测过的组织观察到的变异系数（CV）＜6.5%

• 样品类型既包括新鲜冻存样品，也包括FFPE样本。

• 完整的数据分析解决方案

利用Affymetrix Transcriptom Analysis Console ( TAC )软件迦行数据分析.
可提供更加简便而全面的数据分析:用于选行基因水 平、外显子水平、 可变剪接分析 ;操作简便，只需四步即可进行完整的生物信息 分析;能够更加直观的展示芯片中发现的重要差异基因;并能够发现、区分并展示不同 transcript isoforms ;同时，将结果与公用数 据库链接比对。

上海伯豪为您提供“基因芯片数据分析解决方案”，详细信息》》

HTA 2.0芯片服务应用案例

• 伯豪客户在《Cell Discovery》发表Turner综合征治疗新突破

• 伯豪客户发表胃癌研究新成果！

• 伯豪客户发表直肠癌研究新成果！

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途