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SOLiD3高通量测序服务

参考报价: 面议 型号: SOLiD3高通量测序服务
品牌: 伯豪生物 产地: 上海
关注度: 31 信息完整度:
样本: 典型用户: 暂无
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2009年7月9日,SBC与美国生命技术公司旗下美国应用生物系统公司公司签署全面合作协议,建立了SBC-ABI SOLiD合作实验室,为广大科研工作者提供SOLiD高通量测序服务。 

详情请查看生物服务在线网站(http://www.ebioservice.com )

SOLiD 3高通量测序技术特点:
高的测序通量:测序通量大于50GB/次,读长可达50个碱基(随机片段测序)和2×50个碱基(末端配对测序);
无可匹敌的准确度:基于连接反应高度可靠的测序技术,创新的双碱基编码技术,可选择性重复连接反应步骤;
系统的易操作性:样品制备支持随机片段文库和zei高达10Kb插入片段的末端配对文库。无人式的工作模式结合简单操作流程和流水线式自动数据分析为您提供高效的研究平台;
系统的灵活性:两个独立控制的流动池,可以进行一张或二张玻片的同时分析。开放式高密度磁珠沉置,每张玻片可分为1个,4个或8个测序区域,支持多重技术Barcode;
应用广泛灵活:超高通量的数据支持大规模测序和结构变异性分析。独特的双碱基编码特性使系统具备自检功能,对单核苷酸多态性(SNP)的检测精确率可以达到zei高。以zei大通量的标签实验为应用的基础,可以为全转录组、染色质免疫共沉淀(ChIP)和小RNA,甲基化研究等提供高度敏感的检测方法。

SOLiD测序原理及实验流程
SOLiD使用连接法测序获得基于“双碱基编码原理”的SOLiD颜色编码序列,随后的数据分析比较原始颜色序列与转换成颜色编码的reference序列,把SOLiD颜色序列定位到reference上,同时校正测序错误,并可结合原始颜色序列的质量信息发现潜在SNP位点。

1. SOLiD文库构建
使用SOLiD测序时,可根据实际需要,制备片段文库 (fragment library)或末端配对文库(mate-paired library)。简单地说,制备片段文库就是在短DNA片段(60~110 bp)两端加上SOLiD接头(P1、P2 adapter)。而制备末端配对文库,先通过DNA环化、Ecop15I酶切等步骤截取长 DNA片段(600bp到10kb)两末端各25 bp进行连接,然后在该连接产物两端加上SOLiD接头。两种文库的zei终产物都是两端分别带有P1、 P2 adapter的DNA双链,插入片段及测序接头总长为120~180 bp。 


2 油包水PCR
我们知道,文库制备得到大量末端带P1、P2 adapter但内部插入序列不同的DNA双链模板。和普通PCR一样,油包水PCR也是在水溶液进行反应,该水相含PCR所需试剂,DNA模板及可分别与P1、P2 adapter结合的P1、P2 PCR引物。但与普通PCR不同的是,P1引物固定在P1磁珠球形表面 (SOLiD将这种表面固定着大量P1引物的磁珠称为P1磁珠)。 PCR反应过程中磁珠表面的P1引物可以和变性模板的P1 adapter负链结合,引导模板合成,这样一来,P1引物引导合成的DNA链也就被固定到 P1磁珠表面了。

3. 含DNA模板P1磁珠的固定
SOLiD测序反应在SOLiD玻片表面进行。含有DNA模板的P1磁珠共价结合在SOLiD玻片表面。磁珠是SOLiD测序的zei小单元。每个磁珠SOLiD测序后形成一条序列。

4. SOLiD双碱基编码原理及测序流程
SOLiD“双碱基编码原理”实质上是阐明了荧光探针的颜色类型与探针编码区碱基对的对应关系。SOLiD连接反应的底物是8碱基单链荧光探针混合物。连接反应中,这些探针按照碱基互补规则与单链DNA模板链配对。如图1“底物探针”所示,探针5’末端可分别标记“CY5,Texas Red,CY3,6-FAMTM”4种颜色的荧光染料,并且这四种颜色用数字“3,2,1,0”示意;探针3’端1~5位为随机碱基,可以是“A,T,C,G”四种碱基中的任何一种碱基,其中第1、2位构成的碱基对是表征探针染料类型的编码区,“双碱基编码矩阵”规定了该编码区16种碱基对和4种探针颜色的对应关系,而3~5位的“n”表示随机碱基,6~8位的“z”指的是可以和任何碱基配对的特殊碱基,由上可知,SOLiD连接反应底物中共有45 种底物探针。


5. 数据分析原理
SOLiD测序完成后,获得了由颜色编码组成的SOLiD原始序列(图 6.a)。理论上来说,按照“双碱基编码矩阵”(图4),只要知道所测DNA序列中任何一个位置的碱基类型,就可以将SOLiD原始颜色序列“解码”成碱基序列。但由于双碱基编码规则中双碱基与颜色信息的兼并特性(一种颜色对应4种碱基对),前面碱基的颜色编码直接影响紧跟其后碱基的解码,所以一个错误颜色编码就会引起“连锁解码错误”,改变错误颜色编码之后的所有碱基。

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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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