染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay ChIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。ChIP 不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，ChIP 与其他方法的结合，扩大了其应用范围：ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选。

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芯片推荐：Nimblegen 2.1M Deluxe Promoter Arrays

芯片内容：该款芯片包含了所有已知启动子区以及人、小鼠中选择性转录起始位点，也覆盖了所有已注释的CpG岛、miRNA启动子和人工选择的ENCODE（仅限人）区。

芯片推荐：Nimblegen 385K Two-Array Sets

芯片内容：该款芯片包含了所有注释过的剪接变体和选择选择性转录起始位点。该芯片为研究由RefSeq、MGC和UCSC所包含的转录调控元件在基因组水平的图谱提供了最为全面的工具。目前只有针对人、小鼠、大鼠和拟南芥的产品。

芯片推荐：Nimblegen 385K Single Arrays

芯片内容：385K RefSeq Promoters 包含RefSeq数据库中所有被较好特征化的基因，启动子区域以长为50-75mer的探针以约100bp的间隔覆盖。目前只有人和小鼠相关产品。

385K RefSeq XM Promoters 包含了由NCBI基因组注释计划所产生的accession号以XM开头序列，它们代表了由ab initio的预测结果，或者和已知基因具有一定的同源性。这些序列代表了在NCBI Contigs中注释的转录本和蛋白，它们可能与GenBank中提交的mRNAs或curated RefSeq中以 NM、NR、NP开头的记录有所不同。目前只有针对人和小鼠的产品。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途