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参考报价: | 面议 | 型号: | 非模式生物基因功能注释 |
品牌: | 英拜生物 | 产地: | 上海 |
关注度: | 51 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 |
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非模式生物高通量RNA测序的功能注释系统
第一代测序平台Sanger得到的是EST, 第二代高通量测序平台Roche 454, Hiseq 2000, Ion Torrent, 得到短中片段序列(75bp-800bp), 通常需要组装成EST甚至全长转录本,我们需要对EST进行基因注释才能了解序列包含的功能信息。
Blast 同源比对:Blastx进行同源基因比对, 选择的数据库通常是NCBI 非冗余的蛋白质数据库和Uniprot蛋白质数据库。如果客户测序的物种,在数据库中存在相近的模式生物, 那么直接将EST序列比对到该模式生物。
GO注释:EST进行GO功能归类, 下载GO数据库, 针对GO数据库中的每个GO节点包含的EST数目。
KEGG KO和Pathway注释:KO是KEGG Ortholog, 跨物种的同源基因家族,将EST赋予KO注释, 从而得到KEGG Pathway注释。
COG/KOG注释:COG是 KOG 通过Uniprot的注释结果, 得到COG和KOG的注释功能归类。
基因相互关系网络注释:利用STRINGS蛋白质相互关系网络, 根据COG/KOG与COG/KOG相互作用得到EST与EST相关关系网络。利用GO与GO的调控关系, 构建EST与EST相关关系网络。利用KO与KO的调控关系, 构建EST与EST相关关系网络。 如果客户只关系某几个Pathway(代谢,发育等),我们可以将所关注的 Pathways整合成一个网络。如果客户测序的物种, 在数据库中存在相近的模式生物, 那么直接将EST序列比对到该模式生物, 构建模式生物的基因网络图。
非模式生物基因功能注释信息由上海英拜生物科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于非模式生物基因功能注释报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。
注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途