染色质免疫共沉淀测序（chip-seq）

 chip-seq 

染色质免疫共沉淀（ChIP）是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing （ChIP Sequencing ），可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。

       采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。

技术优势:

§  检测范围广：全基因组范围的免疫沉淀与测序分析；

§  高性价比：基于抗体富集目标区域，有效降低测序数据量；

§  微量样本：只需10 ng以上免疫沉淀后的DNA，即可进行测序分析。

研究内容:

一、标准信息分析 

1)         去接头污染，去低质量reads和产量情况统计；

2)         ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对；

3)         ChIP 测序 Reads 在全基因组的分布；

4)         统计ChIP测序数据富集区域 ( Peak ) 的信息；

5)         Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析；

6)         多个样品的差异分析 ；

7)         UCSC Genome Browser使用说明；

二、高级信息分析

 不同表达水平的基因在TSS附近区域的 reads 富集程度。

三、定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。 

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