真核转录组测序

概述

转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的必然纽带。真核mRNA测序是基于HiSeq平台，对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序。既可研究已知基因，亦能发掘新基因，全面快速获得mRNA序列和丰度信息。还用于研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。转录组研究已经成为揭示生物生长发育调控、逆境胁迫和抗病反应机制的zei佳研究手段。真核mRNA测序方法可分为：有参考转录组、无参考转录组及数字基因表达谱（DGE）三大类。

应用

1、环境转录组学;2、发育转录组;3、遗传转录组;4、比较转录组;5、互做转录组学。

技术流程

样本要求

样本类型：去蛋白并经过Dnase处理的总RNA;

RNA样本量：≥5.0 μg

RNA浓度： ≥200 ng/μL

RNA纯度： OD_260/280=1.8-2.2，OD_260/230 ≥2.0；

动物样本：RIN ≥7.0，植物样本：RIN ≥6.5，28S：18S ≥1.0

策略

常见问题

Q 转录组测序的技术重复性很高，那是否还有必要设生物学重复？

有必要，至少需要两次生物学重复，3次以上的生物学重复更好。2011年7月Hansen发表的文章表明生物学差异是基因自身表达的特性，与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。如果不设生物学重复，高影响因子的杂志可能会因此而拒稿。

Q 转录组测序详细的样本要求是怎样的？

注：1、如果样品OD值未达到要求：可能影响转录组建库时磁珠分离mRNA及反转录效率；可能对基因定量和文库随机性有轻微影响，导致duplication比例高。      

2、基因组注释：基因预测、功能基因注释（与Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro等数据进行同源比对）、重复序列分析及Non-coding RNA注释等。       

3、基因功能分析：包括GO富集分析、KEGG通路分析等。       

4、比较基因组学及进化分析：通过比较相近物种的基因组数据，从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标物种基因组进行深入分析）。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途