技术简介

环状RNA(circular RNA，circRNA)是最新发现的一类新型非编码RNA分子，其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点，成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性，与组织发育、疾病的发生发展密切相关。此外，环状RNA不易降解，能在血浆、唾液等体液中稳定存在，可以作为新型疾病分子标志物。当前，科研人员对这一功能性分子仍知之甚少，可见对其展开全面深入的研究势在必行，一场科研的竞赛已悄然开始!

云序生物提供的环状RNA测序服务，采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit，高效去除样本中的线性mRNA和rRNA，保留纯化后的环状RNA，因此测序获得的环状RNA有效数据量是其他测序服务供应商远远无法企及的，帮助客户以最低的成本检测到更多的环状RNA。此外，Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎所有已知物种，对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。

云序优势

适用于任何物种：

可以检测几乎任何动植物的环状RNA。

适用于降解样品：

可以检测部分降解的样品的环状RNA。

有效数据量高：

通过商业化kit富集环状RNA，极大地提高了有效数据比例。

性价比高：

能够以较低的成本检测更多的环状RNA。

一站式服务：

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业化的生物信息学分析：

云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

样本要求

样品类型：

组织、细胞、体液或总RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

a)细胞：2×107

b)组织：100 mg

c)体液：全血、血清、血浆 2-3 ml

脑脊液：5 ml

尿液：50 ml

d)总RNA：2 μg  (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5 无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾 )

样品运输及保存：

样品运输：样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

数据分析

1、环状RNA的识别与注释

通过环状RNA高通量测序，采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定环状RNA，并根据他们在基因组上位置和数据库中来源进行注释。云序生物整合了来自文献、数据库的多个物种的环状RNAs，构成目前世界上最全的环状RNA数据库circDB，对环状RNA的来源进行了注释，并展示了环状RNA与疾病的关系，以节省耗时的文献查找和阅读。

2、差异环状RNA的筛选

按照预设的筛选标准(Fold Change≥2， P值≤ 0.05)筛选出差异表达的环状RNA。

注：Fold Change代表差异倍数，P值代表差异显著性，筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

3、差异环状RNA的聚类

4、差异环状RNA的来源基因的GO和信号通路分析

对差异环状RNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析，以便推断环状RNA的功能。

5、环状RNA-miRNA相互作用网络

通过环状RNA-miRNA相互作用网络分析，可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。

6、环状RNA的可视化

图形化展示了环状RNA在基因组中的分布，以及与之相应的线性RNA的位置关系。

案例解析

案例1：环状RNA具有miRNA海绵功能

原文：Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency

期刊：Nature 影响因子：41.58

本文通过环状RNA测序在人和线虫中发现了大量环状RNA，其中环状RNA CDR1as在人和小鼠中是保守的；此外，通过生物信息学分析。在CDR1as序列上找到了大量miR-7结合位点，进一步的功能实验表明：CDR1as通过作为miRNA海绵吸附miR-7，在斑马鱼脑发育中发挥重要的调控作用。

                                                             图1.  人类细胞系和线虫中检测到的环状RNA的数目和类别 

　　图2. CDR1as在不同物种中具有保守的miR-7结合位点

案例2：环状RNA功能具有结合调控蛋白功能

原文：Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency

期刊：Nature 影响因子：41.58

已有证据表明：CircRNA还可以通过结合蛋白分子，影响蛋白的定位和功能来发挥调控作用。CircRNA可以作为支架分子与多种蛋白结合;还可以通过序列互补与靶RNA/DNA结合，进而招募蛋白分子形成多分子复合物。

　　图3. CDR1as可以与AGO蛋白结合

案例3：人类癌症环状RNA表达谱研究

原文：CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification

期刊：Genome Biology 影响因子：13.21 

本文通过环状RNA测序和严谨的生物信息学分析，在15种人类细胞系中鉴定出了近10万种环状RNA，其中绝大多数是新发现的。这些环状RNA的表达呈现出很强的细胞特异性，并在不同类型的癌症中表现出极大的表达差异。此外，相对于线性RNA，环状RNA更加稳定。这些现象都表明：环状RNA具有作为新型肿瘤标志物的潜力。

图4. 不同类型环状RNA在不同细胞系中所占的比例

环状RNA测序信息由上海云序生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于环状RNA测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途