染色质免疫共沉淀测序服务（ChIP-Seq）

染色质免疫共沉淀测序服务（ChIP-Seq）

    ChIP-Seq，即染色质免疫共沉淀-测序技术，是通过对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片断后进行大规模测序，从而得到目标蛋白结合的DNA序列信息，并定位到全基因组上。言行生物使用Illumina HiSeq 2500测序仪，结合ChIP-Seq技术流程，为表观遗传学与基因转录调控机制提供有力的分析手段。

技术优势

• 高通量：一个lane产生的数据几乎可以涵盖转录因子在基因组上的全部结合区域；
• 低成本：单个read的测序和分析费用仅为传统测序法的1/100；只有全基因组ChIP-chip的1/30到1/10。
• 灵活度高：任何物种任何序列都可进行实验，无需已知的基因组序列信息。
• 高可信度：比ChIP-Chip更低背景水平和高信噪比确保高可信度的实验结果；
• 信噪比高：背景比芯片结果（ChIP-chip）低，每个ChIP样本可获取数百万个有效序列标签，利用数百万次计数将真实事件与假信号区分开。
• 检测范围广：在整个基因组内定位体内结合位点，包括芯片无法检测的重复序列区域。
• 定位精确度高：在50 bp以内定位结合位点。

实验流程

ChIP-Seq实验主要过程包括：通过抗体结合特定的蛋白，富集特异***联的DNA-蛋白质复合体；然后末端修复与特异性蛋白结合的DNA，加接头；在测序芯片上进行桥式PCR扩增；对构建的文库进行大规模测序。测序结果中蛋白结合的DNA序列在基因组的位置和所测序的不同DNA的丰度可以解释为目标蛋白在不同基因组位置的结合强度，从而判断DNA链的某一特定位置出现了转录因子、组蛋白的修饰等相互作用信息。 

数据分析

完成ChIP-Seq测序后，可以提供的实验结果包括：

1) 原始数据报告（Fasta-Q格式）：包含所有测序序列的序列信息，碱基读取质量评估；

2) 基本数据分析报告（Excel表格）：包含有效序列的序列信息，与参考基因组比对后的注释信息等；

3) 高级数据分析（应客户要求定制）：如富集区域（enriched region）鉴定，分析两样本间有富集水平差异的区域并注释，预测转录因子结合区的motif，结合表达谱分析其对基因的表达调控等。

       将Illumina Hiseq 2500测序得到的原始图像进行碱基读取，通常可获取数百万条序列标签，通过与基因组数据库匹配比对，并利用“peak caller”软件，确定所关注蛋白在基因组上的精确结合位点（enriched regions）。这些结合位点可通过UCSC genome browser等工具查看。

       对enriched regions可进行深层次数据分析，例如：1. 对结合位点与已知基因的位置关系进行注释（转录起始位点、外显子-内含子边界、基因3’末端、启动子、增强子、绝缘子等）；2. 利用“motif-finding”软件确定结合区序列motifs； 3. 可对结合位点所对应的基因进行功能分类，找到其中关键的功能类别或者信号通路；4. 结合表达谱数据，可以分析所关注蛋白与DNA结合对于基因转录的作用。

公司介绍

武汉言行生物科技有限公司提供各种蛋白质组学服务、代谢组学服务、高通量测序服务、生物芯片服务、荧光定量PCR服务、基因组编辑和整体课题外包等技术服务，成立于2008年。言行生物客户已发表《The Plant Journal》、《Proteomics》、《ES&T》、《PLoS ONE》、《BMC Genomics》等杂志。

公司以“言必信 行必果”为理念，竭力把更优的生物技术服务奉献给您！

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