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全基因组扩增背景
全基因组扩增方法是一种增加有限的DNA样本的数量的方法。在法医和基因疾病等研究中,DNA样本的量非常有限,但是又要进行多重分析应用,因此全基因组扩增技术将发挥有效的作用。
AmpGeno全基因组扩增服务上海翼和生物采用多重置换扩增(MDA)技术,在恒温条件下,对样本全基因组DNA进行高产量和高质量的均匀扩增。上海翼和AmpGeno全基因组扩增技术,可连续合成多达70kb的DNA片段,保证高度复制准确性。
基本原理
全基因组扩增主要依赖于Phi29 DNA聚合酶,由于Phi29聚合酶不从基因组DNA模板上解离,使得生成的DNA片段能延长到数十甚至百kb,这个酶具有3’–5’的核酸外切酶校读功能,其错误率比基于Taq DNA聚合酶的方法低百倍。除了具有高保真性,还具有特殊的链置换和连续合成特性。
Phi29 DNA聚合酶消除了DNA的二级结构,因而能够准确并且均匀的扩增基因组序列。使用高度续进性的Phi29 DNA聚合酶得到的长DNA片段,确保了Phi29扩增得到的DNA覆盖了整个基因组,连贯并且无偏地扩增所有遗传位点。
样本要求
全基因组扩增要求模板DNA不能严重降解,而且每个反应的模板DNA用量至少5ng,以减少因模板量太少而造成等位基因的不平衡扩增。正常情况下,50 µl的反应体系,5ng模板DNA的扩增产物,可稀释后用于后续的DNA分析。
应用实例:
图1.人类基因组全扩电泳结果
图2. HEK293细胞基因组DNA全扩电泳结果
全基因组扩增DNA产物适用于:
二代测序
使用芯片进行基因分型检测
比较基因组杂交研究(CGH)
单核苷酸多态性(SNP)基因分型检测
Sanger测序
STR微卫星分析
单体基因分型检测
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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途