LC-MSMS和非标记定量

液相色谱（LC）根据不同蛋白（肽段）在流动相和固定相之间分配系数的差异而进行分离，液相色谱特别是多维液相色谱（MDLC）与串联质谱联用技术（LC-MSMS）是蛋白组分离分析的重要工具之一。该技术可以实现对复杂蛋白样品的分离鉴定，在此基础上，通过质谱信号强度可以实现对肽段和蛋白定量，快速找到不同样品间的蛋白表达差异，即非标记定量蛋白组分析。

A.LC-MSMS混合蛋白鉴定及靶向蛋白组分析

分辨能力高、数据丰富
适用于复杂蛋白样品的分离鉴定分析，
一次可以获得几十、几百甚至几千个蛋白的信息

应用范围广
通过与特异类型蛋白富集及解析技术相结合，
可以很好地实现靶向蛋白组学以及翻译后修饰蛋白组学分析

案例展示
运用LC-MS/MS技术对H7N9核蛋白互作的宿主细胞蛋白组进行分析，

基于组学金豆(OmicsBean)系统进行互作蛋白生物信息学分析与病毒侵染复制分子模型构建

参考文献
Sun N. et al., Proteomics analysis of cellular proteins Co-IP with nucleoprotein of influenza A virus (H7N9). 2015, Int. J. Mol. Sci.  

B非标记(Label-free)-SWATH定量蛋白质组

不需要昂贵的标记
直接根据色谱及质谱的峰面积进行蛋白定量，不需要同位素标记，实验耗费低。
样品不受限制，无标记偏差
与标记技术相比，非标记技术对于样品数量无限制，

弥补了标记定量技术在对多个样本进行定量和定性方面的缺陷

以及对于某些不易标记的蛋白/肽段检测效果不好的缺陷
实验要求高
对LC-MSMS的稳定性和重复性要求较高，需要有足够的技术重复以确证结果，

但该技术目前主要基于一维LC-MSMS，分离能力有限，

一般适用于细胞器、胞外分泌液及微生物等复杂程度较低的样品

案例二  小立碗藓进行原生质体处理的叶绿体蛋白组响应

实验材料
小立碗藓原丝体和原生质体的叶绿体样品
研究结论
发现219个与原生质体处理相关的差异表达蛋白。
叶绿素Ⅱ的生物合成以及相关叶绿体外膜蛋白处理后表达下调。
活性氧(ROS)清除相关的功能得到增强。

参考文献
Igor F. et al., The physcomitrella patens chloroplast proteome changes in response to protoplastation.2016, Front Plant Sci.

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