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宏基因组de novo测序

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一、技术路线 Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq 二、生物信息分析 1. 原始数据整理、过滤及质量评估 2. 基于物种丰度分析: ♦物种丰度列表 ♦稀释曲线 3. 基于物种丰度分析: ♦丰度分布曲线图 ♦生物多样性指数(α多样性)列表 ♦物种丰度差异性分析列表 ♦多样品物种分布柱图 ♦丰度差异物种聚类分析 ♦PCA图 ♦Krona图 4. 基因丰度列表: ♦提取基因分级注释丰度列表(KO、NOG、subsystem) ♦功能基因列表 ♦生成venn图 ♦基因丰度差异性分析列表 ♦丰度差异基因聚类分析 ♦富集分析(KO) 5. 根据客户需求进行个性化分析 三、结果展示 四、样品要求 1、样品采集:样品采集条件的一致是zei为重要的环节,严格按照采样标准采样,采样后立即封存样品冷冻保存。 2、样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议采用专用试剂盒提取。PE文库DNA浓度≥20 ng/μl,总量≥6 μg(荧光定量),并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样;组织样品?1.5 g。 3、样品保存期间切忌反复冻融。 4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

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