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DCAM-09 :DNA 甲基化趋势与基因表达调控的关联分析
本方案针对基因转录水平和对应的基因甲基化程度进行关联分析,期望识别出甲基化空间/时间特异性与基因表达转录调控之间的联系。该分析模块需要结合基因转录组表达谱数据。可以通过RNA-Seq测序方法或表达谱芯片获取基因转录组表达谱数据。
在分析模块中,我们主要针对基因的上下游,基因体,外显子区的甲基化,内含子甲基化等不同分段序列进行甲基化基因比例的统计(图-A); 另外,针对假基因和非表达基因也进行甲基化程度和比例的计算(图-B)。结合基因的表达水平,我们对基因体内的甲基化,启动子区甲基化,非甲基化和全部情况分类进行讨论,计算各自情形在表达水平区间内的比例(图-C);zei后,在样本对比的同时,利用信息熵值(Entropy)的概念计算样本(例如,组织tissue)特异性与基因体内甲基化,启动子区甲基化和非甲基化的各自情形比例(图-D)。类似的,我们针对基因的5’端边界和3‘端边界,分别对甲基化和非甲基化的启动子/基因区进行表达谱程度(纵轴)的刻画,分析甲基化位置特异性和强度与表达谱强度之间关联(图-E.F )
对甲基化差异区域基因表达情况和甲基化程度进行关联分析。我们还分析DNA甲基化与基因表达水平的关联性。对于实验组和对照组,我们将区分开来分别讨论关联性。同时,关联性分析只考虑场染色体内的具有显著DNA甲基化差异的CpG位点。
首先,对实际样本观测情况和随机模拟情况进行对比,分别统计各自密度函数,zei后统计得到过甲基化基因中在转录水平上下调所占的比例(下图A,B)。另外,以CpG岛为考察对象,同样通过与随机情况对比识别在过甲基化CpG岛中具有下调基因所占的比例(下图C,D)。
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