转录组学

转录组学是研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出的所有RNA，转录组测序是指利用高通量测序方法，研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出的所有mRNA，用于揭示不同功能状态下的基因表达、结构的差异，阐明分子机制。

研究流程：


应用范围：
医学研究：疾病标志物筛查，疾病的诊断和分型，疾病复发诊断，病因与病理机制探究，临床疗效评价，药物毒理学评价
生命科学研究：非生物环境关系研究，植物与微生物，在表型鉴定中的应用，代谢途径及功能基因组研究，药用植物研究中的应用

实验设计：
转录组学用于检测生物学样品的总体mRNA的表达量情况，对不同处理或生理状态的样品进行分组，并通过转录组测序对基因进行注释，并计算表达量，基于表达量和组别，找到不同组别的差异基因，并用于后续生理机制的研究。

样本要求：
动植物组织 ≥ 0.2g
全血 ≥ 0.3ml
细胞 ≥ 10⁷个
真菌 ≥ 0.2g
样本的保存：液氮 或 -80℃保存
样品运输：干冰运输

生物学重复：
为排除个体差异，建议对于临床样品，生物学重复 ≥ 6；对于培养的细胞、微生物、动物模型及植物，生物学重复 ≥ 3。

案例分享：
视黄醇敏感的Hoxb簇维持正常造血和抑制白血病发生
发表时间：2018年
期刊：Cell Stem Cell
影响因子： 21.464
     Hox基因调节造血干细胞（HSCs），在造血因子中重新获得的Hox表达参与白血病的发生。本文通过转录组和DNA甲基化分析，证实Hoxb簇和维甲酸信号基因主要富集在LT-HSC中，并且这种Hoxb表达的协同调节是由维甲酸依赖的顺式调节元件介导的。DNA甲基转移酶介导DNA甲基化，导致Hoxb cluster表达降低。DNMT3A突变的急性髓系白血病患者表现为低甲基化。CRISPR Cas9介导的特异性DNA甲基化降低了HOXB的表达，减轻了白血病的发生。总的来说，这些发现证明了通过协调调节Hoxb基因，维甲酸信号和去鼠素在维持HSC和防止白血病发生中的作用。

     图1 WT和DERARED缺失的HSC细胞转录组测序

     图2 Wnt5a处理的HSC转录组分析

参考文献：
Qian P et al., Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis. Cell Stem Cell. 2018 May 3;22(5):740-754.e7

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