分子模拟与药物设计综合软件包

应用领域

生物信息学
结构和家族数据库、折叠/同源辨识、序列比对、保守区域搜索

化学信息学
描述符、相似性和多样性、构象数据库、3D搜索、药效团搜索/建模、 2D分子、‘结构-活性’分析、RECAP分析、SD Pipeline 命令

高通量发现
高通量筛选、二元QSAR、3D QSAR、组合库设计

基于结构的药物设计
配体开发、活性位点查找、接触势计算、分子对接、碎片分析、蛋白-配体相互作用、指纹图谱、BREED、3D加氢、Protomer和Tautomer、分子表面图、SAReport

蛋白建模
同源模建、残基突变、分子力学、分子动力学、抗体模建、蛋白pKa

分子模拟
力场、静电计算、分子力学、分子动力学、扩散、3D小分子构建、分子表面

方法开发与部署
原型、整合、分布式计算

MOE/web
SD Filter、结构-活性报告、同源搜索、小分子性质、数据库浏览







重要特性

跨平台计算

MOE可以支持所有主流的硬件架构和操作系统，包括：Windows 2000XPVista|7, Linux, MacOS X, Solaris 8-10, IRIS 6.5等。MOE 所有的视窗和操作在各种平台下表现一致，性能均非常优越。

多任务环境

MOE是多任务模式的，用户可以在MOE里同时运行多个任务而不会产生冲突。例如你可以在对一个分子体系做能量zei小化的同时对分子表面着色以观察作用力的变化。你可以同时运行任意数目的应用程序。

命令行及Web模式

MOE可以作为命令行程序运行，即MOE/batch；在此模式下，除了图形界面，MOE的所有功能都可以正常使用。MOE/web是另一种运行模式：当用户想通过Web页面使用MOE时，只需要打开浏览器就可以使用另外一台联网计算机上的MOE程序。

并行计算模式

MOE/smp是MOE及MOE/batch的增强模式, 用户可以在此模式下使用多个处理器, 来共同完成大规模分布式计算。一个MOE进程可以分布到各种不同的计算资源上，例如笔记本、工作站、多处理器超级计算机等等，甚至是不同的操作系统，例如UNIX和Windows。

使用SVL编程

MOE一个鲜明特点就是开放架构：高级编程语言SVL，即科学向量语言（Scientific Vector Language）， 为用户带来了高度的灵活性。在MOE中，用户可以快速地使用SVL开发新方法或实现新构想。使用SVL编写的程序适用于所有运行MOE的平台。

程序范例

MOE的安装目录下包括一批范例SVL程序，位于$MOE/sample目录下，用户可以从中学习如何编写SVL程序。

CCG期刊

CCG官方网站有一栏叫做CCG期刊，收集了关于MOE里应用程序和算法文章。

MOE在高水平研究工作中应用

MOE作为一个综合的分子模拟及药物设计软件，在大量研究工作中都有广泛的作用，每年利用MOE在高水平杂志上发表的论文有数百篇之多。这些杂志包括: Nature、Science、Proceedings of the National Sciences of U.S.A、Journal of the Amerian Chemical Society、Journal of Biological Chemistry、Joural of Medicinal Chemistry等等。CCG官方网站上对此有专门的收集和整理: http://www.chemcomp.com/research-cite.htm。

SVL程序共享

MOE的开发人员和用户有时会编写一些有用的SVL程序，并上传到SVL程序交换(SVL Exchange)站点实现共享。对用户而言，这是一个非常有价值的资源。



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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途