CRISPR文库

CRISPR文库

        CRISPR/Cas9系统是当今基因编辑领域最热门的明星工具，2013年，Broad研究所的两个研究团队分别在Science杂志同一期上发表了CRISPR文库的相关研究。在此之后，基于CRISPR/Cas9的工具得到了快速发展，CRISPRa，CRISPRi及CRISPR敲除文库已经广泛用于证明新的生物学机制，如耐药性和细胞存活信号。多篇CNS(Cell、Nature、Science)连续报道。利用该技术，研究人员在药物靶标发现、基因功能研究、药物敏感基因研究等领域取得了巨大的成功。

1. HYY现有CRISPR筛选文库

 

文库类型文库简介价格源lncRNA 激活库

Human CRISPR lncRNA Activation Pooled Library (SAM-3)

靶向激活10,504个lncRNA
包含96,458个sgRNA靶点

咨询人源敲除库

Human CRISPR Knockout Pooled Library (GeCKO v2) 

靶向敲除19,050个mRNA 及1864个miRNA
包含123,411个sgRNA靶点

咨询人源激活库

Human CRISPR Activation Library (SAM-2)

靶向激活23,430个mRNA
包含70,290个sgRNA靶点

咨询小鼠敲除库

Mouse CRISPR Knockout Pooled Library (GeCKO v2)

靶向敲除20,611个mRNA 及1175个miRNA
包含130,209个sgRNA靶点

咨询小鼠激活库

Mouse CRISPRa sgRNA library Caprano (P65-HSF)

靶向激活22,774 (Set A), 22,658 (Set B) 个mRNA
包含134,076个sgRNA靶点

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2. 全基因组CRISPR文库有什么作用，能应用于哪些方面，相对其他的有什么优势？

 

         以全基因敲除文库为例（GeCKO），GeCKO文库是基于CRISPR-Cas9敲除技术，靶位点覆盖全基因组的敲除库。目前我们所拥有的是人类基因组CRISPR敲除文库，其涵盖了19050个靶基因，每个基因设计了6个靶位点（分为A，B两个子文库，每个子文库各含3个靶位点），并涵盖1864个miRNA，每个miRNA有4个靶位点，同时含有1000个空白对照sgRNA质粒，共由123411个sgRNA靶标质粒组成。
        可以将GeCKO文库质粒进行病毒包装，利用CRISPR敲除文库病毒转染目的细胞，可以获得该目的细胞的全基因组敲除的细胞库，根据不同的实验目的，采用相应的筛选方式获得存活下来的细胞，通过高通量测序，即可得到相应的富集的sgRNA靶位点，筛选出相应的功能缺失型基因。RNA干扰(RNAinterference,RNAi)文库曾被广泛应用于功能缺失型基因筛选。利用RNA干扰鉴定高等生物基因功能的技术虽然已经普及，甚至被应用于高通量、全基因组规模的功能性筛选中，但是由于RNA干扰不能完全抑制基因表达，常常不足以造成稳定的表型变化，从而影响对基因功能的正确判断。另外，RNA干扰经常伴随脱靶现象，其基因回补验证的过程也非常繁琐复杂，使用起来不尽如人意，因此必将逐步被CRISPR敲除文库所取代。

 

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