牛津纳米孔GridION Mk1 台式测序仪

参数

阅读长度

纳米孔读取DNA或RNA从短到超长（最长的>4Mb）呈现给他们的长度 -

尺寸

紧凑型台式设备，集成计算适合任何实验室

• 尺寸：W 370 毫米，H 220 毫米，D 365 毫米

• 重量：11公斤

250 Gb 产量*

每个迷你流细胞高达 50 Gb / 每个长流单元 2.8 Gb*

* 当系统运行 72 小时（或 Flongle 运行 16 小时）时，理论最大输出为 420 基/秒。输出可能因库类型、运行条件等而异。

合适的应用程序

• 更大的基因组或项目

• 整个转录体（直接RNA或cDNA）

• 大量样品

按需

在需要的时候，对需要什么进行排序

• 单独或一起运行流细胞 - 不再进行样品批量

• 混合迷你和长流细胞，以满足实验需求

• 同时运行多个DNA或RNA实验

• 更多样品的条形码

访问

• 无资本成本

• 简单的插头和播放操作

• 集成计算 - 所需的最小 IT 基础设施

强大、集成的计算

在一个强大的设备中进行测序和分析

• 最新一代 CPU / GV100 GPU 加速器

• 64 GB 内存 / 4 TB 固有存储

• 以太网连接

• 仪器控制和数据分析软件

参考招标文件

项目编号：GXZC2021-G1-001097-GXKW

项目名称：公共检测实验室设备采购

采购单位：广西壮族自治区疾病预防控制中心

一、主要技术参数

1、测序类型：单分子纳米孔测序。

2、直接测序：直接DNA测序，无需PCR扩增，也可选择PCR扩增；直接RNA测序，无需反转录成cDNA，无需PCR扩增；也可以反转录成cDNA并进行PCR扩增。

▲3、测序读长：对序列读长没有限制要求，具体读长长度取决于提取的DNA/RNA片段长度和质量。

4、起始样品总量：10pg-1ug。

5、测序样品上样量：约75ul。

6、DNA测序速度：≥400bp/s。

7、运行时间：1min～72 hrs。

▲8、单次可运行芯片数量：≥5张，可同时或独立运行。

9、文库制备时间：最短10min制备文库，5min手工上样。

▲10、从测序第一分钟开始就可以获得数据，碱基识别与测序同时进行、转化的Fastq格式文件可同时进行下游数据分析。

11、可直接存储原始数据、以Fast5格式文件保存。

12、每次测序数据产量：50～100 Gb（5张芯片同时进行测序）。

13、可直接检测碱基修饰、直接进行表观遗传学分析。

14、可实现在线实时分析和本地分析，可提供多种数据分析工具，包括原始电信号碱基读取（Fast5 to Fastq）、数据质量控制、后续生信分析流程可实现接头拆分、序列比对、基因组组装、宏基因组分析、扩增子分析、测序错误校正）、变异分析、碱基修饰等。

二、基本配置：

1、高通量测序主机及显示器：1套。

2、服务器：

（1）处理器：1颗Intel CORE 10700 CPU 8C 16T 2.9-4.8GHz；

（2）内存：配置128Gb内存，频率3200Hz；

（3）硬盘：配置1个1TbSSD +1个3.5“ 4Tb/7200RPM/SATA硬盘；

（4）网卡：配置1个千兆网卡，可适用WIFI连接无线网络；

（5）显卡：1块 英伟达GPU显卡，显存不小于8Gb，CUDA计算核心数不少于2000个；

（6）电源：750W 静音电源；

（7）服务：原厂商提供1年免费维修服务；人工、配件、交通等任何费用全免。

3、测序芯片：48张。

4、建库试剂盒：8套。

5、无扩增条形码扩展试剂盒：4盒。

6、短片段缓冲液拓展试剂盒：4盒。

7、清洗试剂盒：4盒。

8、测序软件：

▲（1）新冠病毒序列拼接及基于完整病毒数据库的分子溯源系统：

自动完成高通量测序前处理、序列拼接与纠错并输出序列基本信息（如覆盖度、测序深度、病毒变异位点、所在进化分支等）；提供GISAID及公共数据库完整新冠病毒基因组数据（＞50万条新冠病毒基因组序列），并具备定期更新；基于全球病毒基因组数据库进行新冠病毒序列分子溯源，构建分子进化树，基于nextstrain平台进行可视化展示，提示病毒间可能的时间及地理传播关系；

（2）未知病原分析系统：

自动完成高通量测序数据的质控，具备定期更新的微生物分类数据库，自动对测序文件中的序列进行物种分类并输出报告；病原分类数据可视化，包括但不限于饼图、桑基图或其它形式；

（3）肠道病毒、登革热病毒、流感病毒基因组序列拼接系统：

配合基于纳米孔开发的病原基因组测序试剂盒自动完成肠道病毒、登革热病毒、流感病毒的全基因组拼接；提供病毒基因型或基因亚型的分型结果；全图形化操作，无需Linux系统及命令行操作基础即可完成全部分析。

9、新冠测序试剂：1套。

10、配置2台平板电脑，参数如下：

（1）操作系统：iPadOS 14以上；

（2）存储容量：1TB；

（3）处理器：A12Z仿生芯片；

（4）摄像头：广角1200万像素，超广角1000万像素；

（5）网络版本：可同时使用WiFi和蜂窝网络；

（6）续航时间：内置约36.71 瓦时锂聚合物充电电池；

（7）屏幕尺寸及类型：12.9英寸Liquid视网膜显示屏；

（8）分辨率：约2732×2048 264ppi；

（9）尺寸：长：约280.6mm 宽：约214.9mm 厚度：约5.9mm；

（10）基本配置：主机1台；与主机配套键盘和智能双面夹；触控笔1支，配套充电线 (1米)，配套电源适配器。

11、满足仪器正常运行的其他必要配置。

三、培训及售后服务要求

1、供货商负责产品出厂到用户指定使用单位周转过程中的贮存和运输，并承担相关费用；厂家需要为项目提供专业化的培训方案，以保证项目的顺利运转。

2、供货商必须确保货品全新和完整。

3、供货商必须有技术指导、培训、质量监督和维护保养等项目的服务和经费列支。

4、安装调试完成后仪器主机提供原厂不少于3年免费质保。

5、培训服务：专家外派到使用单位进行驻点培训和考核。理论培训（不限人数），建库等操作培训（1-8人），生信分析以及数据处理（不限人数）。