易科泰CO2/CO检测仪, 土壤的呼吸可以定义为CO2的净产生和O2的净消耗。气体交换的总量经常被看作是土壤微生物活性的指示。因为微生物是土壤中各种生化反应（腐烂、腐殖质的形成等等）的主体。土壤微生物的活性有时被看作土壤是否“健康”的标志。实际上土壤的呼吸是由土壤多种生物参与的，比如根、细菌、真菌、原生动物等。土壤的呼吸受多种因素影响，如生物含量、土壤湿度、土壤温度。