遗传密码子具有以下基本特点：

1 ）每个密码子三联体 (triplet) 决定一种氨基酸；

2) 两种密码子之间无任何核苷酸或其它成分加以分离，即密码子无逗号 ;

3) 密码子具有方向性，例如 AUC 是 Ile 的密码子， A 为 5' 端碱基， C 为 3' 端碱基。因此密码也具有方向性，即 mRNA 从 5' 端到 3' 端的核苷酸排列顺序就决定了多肽链中从 N 端到 C 端的氨基酸排列顺序 ;

4) 密码子有简并性 (degeneracy) 一种氨基酸有几个密码子，或者几个密码子代表一种氨基酸的现象称为密码子的简并性。除了 Met 和 Trp 只有一个密码子外，其它氨基酸均有二个以上密码子，例如 Arg 有 6 个密码子。

5) 共有 64 个密码子，其中 AUG 不仅是 Met 或者 fMet( 在原核细胞 ) 的密码子，也是肽链合成的起始信号，故称 AUG 为起始密码子。 UAA 、 UAG 和 UGA 为终止密码子，不代表任何氨基酸，也称为无意义密码子。

6) 密码子有通用性，即不论是病毒、原核生物还是真核生物密码子的含义都是相同的。

但真核细胞线粒体 mRNA 中的密码子与胞浆中 mRNA 的密码子有以下三点不同 : 一是线粒体中 UGA 不代表终止密码子，而是编码 Trp; 二是肽链内的 Mer 由 AUG 和 AUA 二个密码子编码，起始部位的 Met 由 AUG 、 AUA 、 AUU 和 AGG 均为密码 ; 三是 AGA 和 AGG 不是 Arg 的密码子，而是终止密码子，即 UAA 、 UAG 、 AGA 和 AGG 均为终止密码子。

密码子结构与氨基酸侧链极性之间有一定关系 .

1) 氨基酸侧链极性性质在多数情况下由密码子的第二个碱基决定。第二个碱基为嘧啶 (Y) 时，氨基酸侧链为非极性，第二个碱基为嘌呤 (P) 时，氨基酸侧链侧有极性 .

2) 当第一个碱基为 U 或 A ，第二个碱基为 C ，第三个碱基无特异性时，所决定的氨基酸侧链为极性不带电 ;

3) 当第一个碱基不是 U ，第二个碱基是 G 时，氨基酸侧链则带电。在此前提下，若第一个是 C 或 A 时，表示带正电的氨基酸 ; 第一、第二个碱基分别是 G 、 A 时，此种氨基酸带负电。但上述关系也有个别例外。