虽然功能性载体可以直接的与基体化合物连接, 为了提高反应效率和剪切的容易程度, 一个连接分子被插入在载体和基体分子之间. 连接分子应该被定量的装载在载体上, 而且在反应期间直到最后化合物被切下都是稳定的. 连接分子可以分类为保护基团型, 无痕型, 环化型, 安全-捕捉型和光活化型.

编码或解码听起来好像是间谍片中的术语. 在文库操作中, 编码/解码是非常有用的, 甚至可以说是核心部分. 最简单的方法是把一个空间地址赋予96个表面皿或芯片上的单个化合物. 筛选结果将会直接的给出位置数据, 然后转换为化合物标记. 混合-裂分方法对于增大文库体积是非常有用的. 在单珠单化合物方法中, 每个树脂珠都携带文库化合物和编码分子. 筛选过程将会挑选出要选择的珠子, 而且读出编码分子进而识别文库化合物. 肽或核苷由于其序列分析技术几十年来的发展变得较为成熟而首先被引入作为编码分子. 核苷甚至可以通过PCR技术来扩增. Still教授 发展了一种新的方法采用色谱活性化合物作编码分子, 这些分子可以通过气相色谱 .进行分析. 尽管单珠单化合物方法非常诱人, 从单个珠子上获得的化合物数量是有限的(<1 nmol). 为了能够增加化合物的数量IRORI Inc.发展了包含树脂和微波芯片的反应罐. 微波芯片包含了所有的反应信息, 这些信息可以用电子阅读器阅读. 所以这种技术可以称为单罐单化合物方法. 即使没有化学编码过程, 如果可以监测反应并能识别文库化合物的标记, 那也将是非常方便的. 尽管现在发展的还不完善, 已经有几种光谱方法可以应用, 这包括质谱, IR, 和NMR.