(一)总RNA提取
取液氮冻存脑组织置于玻璃匀浆器中,按100g:3ml的比例加入Trizol试剂,严格按照TrizolRNA提取试剂盒说明书的流程进行。
(1)加Trizol(按3ml/100mg组织,宁多勿少)置于玻璃匀浆器中匀浆后,冰浴10-15min。
(2)移入1.5mlEP管中,4ºC 13000g离心10min。
(3)上清液移至另一EP管中,室温放置10-15min。
(4)加入0.2ml氯仿/1mlTrizol,振荡15s,室温置5min。
(5)4ºC 12000g离心15min。
(6)仔细吸取上层水相,移至新的EP管中。
(7)加入0.5ml异丙醇/1mlTrizol,振摇,置室温10min。
(8)4ºC 12000g离心10min,EP管底部可见白色沉淀物。
(9)弃上清,纸巾吸干,加入75%乙醇1ml,振摇,充分洗涤沉淀。
(10)4ºC 11000g离心5min。
(11)吸尽乙醇,空气干燥10min(可离心加快干燥,尽量吸尽离心液体)。
(12)半透明时将RNA溶于去核酸酶的水20ul中(可吹打混匀),-20ºC冻存备用。
(13)所提取的总RNA用核酸蛋白分析仪分析RNA含量和纯度,所有标本260/280nm吸光度的比值均为1.8-2.0。
(14)取所提取的总RNA用1%琼脂糖凝胶电泳,显示出清晰的28s和18s两条rRNA。
(二)逆转录反应
DEPC水 9ul
dig primer 1ul
5×buffer 4ul
10M dNTPmix 2ul
RNA酶抑制剂 1ul
总RNA 2ul 70ºC 5min
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逆转录酶 1ul
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20ul 42ºC 60min(+?)
70ºC 10min
4ºC ∞
(三)PCR反应
DEPC水(可用高压双蒸水) 17.5ul
10×Taq buffer 2.5ul
MgCl2 2.0ul
10M dNTP Mix 0.5ul
上游引物 0.5ul
下游引物 0.5ul
Tap酶(5u/ul) 0.5ul
总CDNA 1.0ul
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25ul
PCR仪参数设置
94 ºC
5min 94 ºC ? ºC 72 ºC
30s 45s 45s 72ºC 4ºC
7min ∞
(四)电泳
(1)20ml 0.5×TBE
0.3-0.4g琼脂糖
煮沸,配成1.5-2.0%琼脂糖凝胶(RNA为1.0%)
(2)冷切至60 ºC,加入4ulEB,倒入槽中(8孔梳),室温冷切30min
(3)拔梳,加入4ulPCR产物+1ul上样缓冲液
(4)电压100-135V
(5)UVP成像系统观察
试剂配制
5×TBE配制方法(1L计)
Tris-Base 54g
硼酸 27.5g
EDTA 3.72g
加双蒸水至1L
2%琼脂糖凝胶配制方法
琼脂糖 0.4g
0.5×TBE 20ml
EB 4ul
方法的改进版:室温冷切10min,放至4ºC冰箱20min
相关技巧
1、注意反应体系的一致,可分装
2、先P内参,检验CDNA的完整性
3、首先考虑退火温度
4、注意引物的设计
5、若目的条带无法到达指定位置,可先或晚于MAKER电泳
6、通过加量或减量PCR产物来达到灰度的调整
7、必要时可行标本间替代
8、可设计相应大小的内参来达到最终目的
9、2度水浴箱的妙用
10、必要时进行相关技术处理
(责任编辑:大汉昆仑王)